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DDBJ 89.0 (Jun, 2012)

2012-08-10 (金) 14:45
DBCLS

DDBJのデータベースについて記事を書いた直後に89.0がリリースされたのでメモ。無脊椎 (INV) はエントリ数、塩基数とも減っていた。理由を調べてみると、生物種がはっきり書かれていないエントリなどが大量にremoveされていた（例：GU672000）。

一通りダウンロードして、現在は塩基配列部分をインデクシング中。

Division	内容	エントリ	塩基	ファイルサイズ	(GB)
合計		160,254,629	141,016,380,296	561,920,288,622	523.3
HUM	ヒト	563,386	4,996,058,095	8,374,749,482	7.8
PRI	霊長類 (ヒトを除く)	102,989	1,292,811,012	1,891,443,366	1.8
ROD	齧歯類	440,159	4,430,778,988	7,005,892,095	6.5
MAM	哺乳類 (ヒト，霊長類，齧歯類を除く)	312,768	852,651,001	1,781,940,910	1.7
VRT	脊椎動物 (ヒト，霊長類，齧歯類，哺乳類を除く)	1,057,240	2,845,002,278	6,069,241,055	5.7
INV	無脊椎動物	1,577,829	2,443,533,451	6,843,835,702	6.4
PLN	植物・真菌類　など	2,471,569	5,840,633,857	13,652,436,941	12.7
BCT	バクテリア	841,541	8,158,523,792	19,074,978,516	17.8
VRL	ウイルス	1,185,860	1,371,199,251	4,914,556,954	4.6
PHG	バクテリオファージ	6,512	77,382,875	187,608,552	0.2
PAT	特許出願に含まれる塩基配列データ	23,998,516	11,945,459,364	42,322,850,200	39.4
ENV	PCR，DGGE，あるいは，その他の方法で直接，分子を単離した環境上のサンプルに由来した配列	4,715,129	3,237,988,584	12,653,785,921	11.8
SYN	synthetic constructs 人為的に構成された配列	123,112	926,662,970	1,643,396,741	1.5
EST	expressed sequence tags short single pass の cDNA 配列	73,142,305	40,637,013,620	239,749,294,113	223.3
TSA	transcriptome shotgun assemblies 再構成された (assembled) mRNA 配列	6,714,908	4,679,084,409	18,903,720,242	17.6
GSS	genome survey sequences short single pass のゲノム配列	33,998,784	21,641,585,155	99,772,519,365	92.9
HTC	high throughput cDNA sequences EST 以外の大規模 cDNA 配列プロジェクトに由来。最終的に，生物種による division に移される場合がある。	551,351	634,629,961	2,512,724,377	2.3
HTG	high throughput genomic sequences ゲノムプロジェクトに由来。最終的に，生物種による division に移される。	146,427	24,368,642,654	32,103,302,381	29.9
STS	sequence tagged sites Genome sequencing の tag となる配列。 chromosome, map, PCR_condition 等の情報が必要。	1,322,639	636,259,470	4,497,106,490	4.2
UNA	未注釈データ最近は UNA division は使用していない。	290	479,509	1,379,737	0.001
CON	Contig / Constructed ゲノムプロジェクトのように個々に登録された一連の配列データを結合し，１つのアクセッション番号を付与した長大なデータ。塩基配列は記載されない。	6,981,315	0	37,963,525,482	35.4