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2015-01
統合データベース講習会AJACSa三島
- 2015-01-27 (火)
- DBCLS
統合データベース講習会AJACSa三島の資料を掲載しています。
- スライドPDF (5.5MB)
自己紹介
siRNA設計ウェブサーバ
- siDirect (http://siDirect2.RNAi.jp/)
- 統合TVによる解説動画
統合遺伝子検索GGRNAの検索例
- GGRNAトップページ – http://GGRNA.dbcls.jp/
- 統合TVによる解説動画
- ヒトのnanogを検索 – http://GGRNA.dbcls.jp/hs/nanog
- Accession番号から検索 – http://GGRNA.dbcls.jp/NM_003380
- 塩基配列から検索
- アミノ酸配列から検索 – http://GGRNA.dbcls.jp/SEHPL+MTCQSC
- PCRプライマー検索 – http://GGRNA.dbcls.jp/hs/seq%3aagctcattactttatcagtgca+comp%3atgacgtattcactcttctggtt
- マイクロアレイのプローブ検索 – http://GGRNA.dbcls.jp/1552311_a_at
高速配列検索GGGenomeの検索例
- GGGenomeトップページ – http://GGGenome.dbcls.jp/
- 統合TVによる解説動画
- ミスマッチやギャップを含む検索 – http://GGGenome.dbcls.jp/hg19/2/TTCACTGACAACATTGAGTA
表計算ソフトで塩基配列検索
- Googleスプレッドシート を参照
GGGenomeのヒットをゲノムブラウザ上に表示
- UCSCゲノムブラウザ (http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgGateway)
- 「add custom tracks」ボタン
- 「http://GGGenome.dbcls.jp/hg19/(検索したい配列).bed」と入力
CRISPR/Casシステムのターゲット配列設計
- CRISPRdirect (http://crispr.dbcls.jp/)
- 統合TVによる解説動画
おまけ
- テキスト比較ツール difff《デュフフ》(http://difff.jp/)
- 統合TVによる解説動画
- 『今日から使える! データベース・ウェブツール 達人になるための実践ガイド100』
実験医学増刊 2014年12月発行
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