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2015-09
GGGenomeに約110種のゲノムを追加
- 2015-09-09 (水)
- DBCLS
高速塩基配列 GGGenome に111種のゲノムを追加しました。追加したゲノムは、Ensembl、Ensembl Metazoa、Ensembl Plants、Phytozome が提供するゲノムのうち、まだGGGenomeに入っていなかったもの全てです。ただし、Phytozome については利用制限がついていない “Public” なものだけを追加しました。
今回のアップデートで、GGGenomeで検索できる生物は約210種になりました。とくに、今まで手薄だった植物を大幅に拡充し、60以上の種に対応させることができました。
現在GGGenomeで検索できるゲノムの一覧を、ヘルプページのなかの 検索可能なデータベース一覧 に掲載しました。また、GGGenomeのプルダウンメニューから、生物種や学名などでインクリメンタル検索しながら選択することもできます。
今回のアップデートで追加したゲノム一覧
Source | Group | Species | 和名 | 学名 | Assembly | Link to GGGenome |
---|---|---|---|---|---|---|
Ensembl | Mammal | Aardvark | ツチブタ | Orycteropus afer | OryAfe1.0 (May, 2012) | OryAfe1.0 |
Ensembl | Vertebrate | Amazon molly | アマゾンモーリー | Poecilia formosa | Poecilia_formosa-5.1.2 (Oct, 2013) | PoeFor_5.1.2 |
Ensembl | Deuterostome | Pacific transparent sea squirt | ユウレイボヤ | Ciona savignyi | CSAV 2.0 (Oct, 2005) | CSAV2.0 |
Ensembl | Vertebrate | Blind cave fish | ブラインドケープテトラ | Astyanax mexicanus | AstMex102 (Apr, 2013) | AstMex102 |
Ensembl | Vertebrate | Chinese softshell turtle | スッポン | Pelodiscus sinensis | PelSin_1.0 (Oct, 2011) | PelSin_1.0 |
Ensembl | Mammal | Crab-eating macaque | カニクイザル | Macaca fascicularis | MacFas5.0 (Jun, 2013) | MacFas5.0 |
Ensembl | Vertebrate | Duck | マガモ | Anas platyrhynchos | BGI_duck_1.0 (Apr, 2013) | BGI_duck_1.0 |
Ensembl | Vertebrate | Flycatcher | シロエリヒタキ | Ficedula albicollis | FicAlb_1.4 (Jan, 2012) | FicAlb_1.4 |
Ensembl | Mammal | Hamadryas baboon | マントヒヒ | Papio hamadryas | Pham (Nov, 2008) | Pham |
Ensembl | Vertebrate | Platyfish | サザンプラティフィッシュ | Xiphophorus maculatus | Xipmac4.4.2 (Jan, 2012) | Xipmac4.4.2 |
Ensembl | Mammal | Prairie vole | ハタネズミ | Microtus ochrogaster | MicOch1.0 (Nov, 2012) | MicOch1.0 |
Ensembl | Mammal | Sperm whale | マッコウクジラ | Physeter macrocephalus | PhyMac_2.0.2 (Sep, 2013) | PhyMac_2.0.2 |
Ensembl | Vertebrate | Spotted gar | スポッテッドガー | Lepisosteus oculatus | LepOcu1 (Dec, 2011) | LepOcu1 |
Ensembl | Mammal | Green monkey | ミドリザル | Chlorocebus sabaeus | ChlSab1.1 (Mar, 2014) | ChlSab1.1 |
EnsemblMetazoa | Insect | Pea aphid | エンドウヒゲナガアブラムシ | Acyrthosiphon pisum | Acyr_2.0 (Jun, 2010) | Acyr_2.0 |
EnsemblMetazoa | Insect | Yellowfever mosquito | ネッタイシマカ | Aedes aegypti | AaegL3 (Dec, 2013) | AaegL3 |
EnsemblMetazoa | Metazoa | Sponge | カイメン | Amphimedon queenslandica | Aqu1 (Oct, 2010) | Aqu1 |
EnsemblMetazoa | Insect | Mosquito | ハマダラカ | Anopheles darlingi | AdarC3 (Jan, 2014) | AdarC3 |
EnsemblMetazoa | Insect | Leafcutter ant | ハキリアリ | Atta cephalotes | Attacep1.0 (Jul, 2012) | Attacep1.0 |
EnsemblMetazoa | Insect | Silkworm | カイコガ | Bombyx mori | ASM15162v1 (Feb, 2013) | ASM15162v1 |
EnsemblMetazoa | Nematode | Filarial nematode worm | マレー糸状虫 | Brugia malayi | B_malayi-3.0 (Dec, 2012) | B_malayi_3.0 |
EnsemblMetazoa | Metazoa | Polychaete worm | イトゴカイ | Capitella teleta | Capitella teleta v1.0 (Dec, 2012) | Capte_v1.0 |
EnsemblMetazoa | Metazoa | Pacific oyster | マガキ | Crassostrea gigas | oyster_v9 (Sep, 2012) | oyster_v9 |
EnsemblMetazoa | Insect | Southern house mosquito | ネッタイイエカ | Culex quinquefasciatus | CpipJ2 (Jan, 2007) | CpipJ2 |
EnsemblMetazoa | Insect | Monarch butterfly | オオカバマダラ | Danaus plexippus | DanPle_1.0 (Nov, 2011) | DanPle_1.0 |
EnsemblMetazoa | Metazoa | Water flea | ミジンコ | Daphnia pulex | V1.0 (Feb, 2011) | Dappu_V1.0 |
EnsemblMetazoa | Insect | Mountain pine beetle | キクイムシ | Dendroctonus ponderosae | DendPond_male_1.0 (Apr, 2013) | DendPond_1.0 |
EnsemblMetazoa | Insect | D. willistoni (Fruit fly) | ショウジョウバエ属 | Drosophila willistoni | dwil_caf1 (Jul, 2008) | dwil_caf1 |
EnsemblMetazoa | Insect | Postman butterfly | ドクチョウ | Heliconius melpomene | Hmel1 (Feb, 2012) | Hmel1 |
EnsemblMetazoa | Metazoa | Californian leech | ヒル | Helobdella robusta | Helro1 (Dec, 2012) | Helro1 |
EnsemblMetazoa | Metazoa | Black-legged tick | クロアシマダニ | Ixodes scapularis | IscaW1 (Aug, 2007) | IscaW1 |
EnsemblMetazoa | Nematode | Eye worm | ロア糸状虫 | Loa loa | Loa_loa_V3 (Jan, 2010) | Loa_loa_V3 |
EnsemblMetazoa | Metazoa | Giant owl limpet | カサガイ | Lottia gigantea | Lotgi1 (Jan, 2013) | Lotgi1 |
EnsemblMetazoa | Insect | Humpbacked fly | クサビノミバエ | Megaselia scalaris | Msca1 (Feb, 2013) | Msca1 |
EnsemblMetazoa | Insect | Glanville fritillary | グランヴィルヒョウモンモドキ | Melitaea cinxia | MelCinx1.0 (Jul, 2014) | MelCinx1.0 |
EnsemblMetazoa | Metazoa | Sea walnut | ムネミオプシス・レイディ | Mnemiopsis leidyi | MneLei_Aug2011 (Sep, 2011) | MneLei |
EnsemblMetazoa | Insect | Parasitic wasp | キョウソヤドリコバチ | Nasonia vitripennis | Nvit_2.1 (Nov, 2012) | Nvit_2.1 |
EnsemblMetazoa | Metazoa | Starlet sea anemone | ムシモドキギンチャク科 | Nematostella vectensis | ASM20922v1 (Sep, 2007) | ASM20922v1 |
EnsemblMetazoa | Nematode | O. volvulus (Parasitic nematode) | 回旋糸状虫 | Onchocerca volvulus | Cameroon_v3 (Nov, 2013) | Cameroon_v3 |
EnsemblMetazoa | Insect | Body louse | ヒトジラミ | Pediculus humanus | PhumU2 (Nov, 2008) | PhumU2 |
EnsemblMetazoa | Insect | Triatomid bug | サシガメ | Rhodnius prolixus | RproC1 (Dec, 2010) | RproC1 |
EnsemblMetazoa | Metazoa | Blood fluke | マンソン住血吸虫 | Schistosoma mansoni | ASM23792v2 (Apr, 2012) | ASM23792v2 |
EnsemblMetazoa | Insect | Red imported fire ant | アカヒアリ | Solenopsis invicta | Si_gnG (Feb, 2011) | Si_gnG |
EnsemblMetazoa | Metazoa | European centipede | ムカデ | Strigamia maritima | Smar1 (Feb, 2013) | Smar1 |
EnsemblMetazoa | Metazoa | Two-spotted spider mite | ナミハダニ | Tetranychus urticae | ASM23943v1 (Nov, 2011) | ASM23943v1 |
EnsemblMetazoa | Insect | Red flour beetle | コクヌストモドキ | Tribolium castaneum | Tcas3 (Feb, 2010) | Tcas3 |
EnsemblMetazoa | Nematode | Trichina worm | 旋毛虫 | Trichinella spiralis | Tspiralis1 (Mar, 2011) | Tspiralis1 |
EnsemblMetazoa | Metazoa | T. adhaerens | センモウヒラムシ | Trichoplax adhaerens | ASM15027v1 (Aug, 2006) | ASM15027v1 |
EnsemblMetazoa | Insect | Dampwood termite | ネバダオオシロアリ | Zootermopsis nevadensis | ZooNev1.0 (Jun, 2014) | ZooNev1.0 |
EnsemblPlants | Plant | Tausch's goatgrass | タルホコムギ | Aegilops tauschii | ASM34733v1 (Dec, 2013) | ASM34733v1 |
EnsemblPlants | Plant | A. trichopoda | アムボレラ・トリコポダ | Amborella trichopoda | AMTR1.0 (Jan, 2014) | AMTR1.0 |
EnsemblPlants | Plant | Lyre-leaved rock-cress | シロイヌナズナ属 | Arabidopsis lyrata | v.1.0 (Dec, 2008) | Araly_v.1.0 |
EnsemblPlants | Plant | Thale cress | シロイヌナズナ | Arabidopsis thaliana | TAIR10 (Sep, 2010) | TAIR10_en |
EnsemblPlants | Plant | Purple false brome | セイヨウヤマカモジ, ミナトカモジグサ | Brachypodium distachyon | v1.0 (Jan, 2009) | Bradi_v1.0 |
EnsemblPlants | Plant | Wild cabbage | ヤセイカンラン, ワイルドキャベツ | Brassica oleracea | v2.1 | Braol_v2.1 |
EnsemblPlants | Plant | Chinese cabbage | ハクサイ | Brassica rapa | IVFCAASv1 (Aug, 2009) | IVFCAASv1 |
EnsemblPlants | Plant | Green algae | クラミドモナス | Chlamydomonas reinhardtii | v3.1 (Nov, 2007) | Chlre_v3.1 |
EnsemblPlants | Plant | Red alga | シアニディオシゾン | Cyanidioschyzon merolae | ASM9120v1 (Nov, 2008) | ASM9120v1 |
EnsemblPlants | Plant | Soybean | ダイズ | Glycine max | V1.0 (Jan, 2010) | Soybn_V1.0 |
EnsemblPlants | Plant | Barley | オオムギ | Hordeum vulgare | 082214v1 (Mar, 2012) | Horvu_v1 |
EnsemblPlants | Plant | L. perrieri | イネ科サヤヌカグサ属 | Leersia perrieri | Lperr_V1.4 (Mar, 2014) | Lperr_V1.4 |
EnsemblPlants | Plant | Barrel medic | タルウマゴヤシ | Medicago truncatula str. A17 | MedtrA17_4.0 (Jun, 2014) | MedtrA17_4.0 |
EnsemblPlants | Plant | Banana | バナナ | Musa acuminata | MA1 (Aug, 2012) | MA1 |
EnsemblPlants | Plant | African wild rice | イネ・野生種 | Oryza barthii | Obart_v1.0 (Apr, 2014) | Obart_v1.0 |
EnsemblPlants | Plant | African wild rice | イネ・野生種 | Oryza brachyantha | Oryza_brachyantha.v1.4b (May, 2011) | Orybr_v1.4b |
EnsemblPlants | Plant | African wild rice | イネ・野生種 | Oryza glaberrima | AGI1.1 (May, 2011) | AGI1.1 |
EnsemblPlants | Plant | Brazilian wild rice | イネ・野生種 | Oryza glumaepatula | ALNU02000000 (Aug, 2013) | Orygl |
EnsemblPlants | Plant | Longstamen rice | イネ・野生種 | Oryza longistaminata | v0117-2013Aug (Aug, 2013) | Orylo_v0117 |
EnsemblPlants | Plant | Australian wild rice | イネ・野生種 | Oryza meridionalis | Oryza_meridionalis_v1.3 (Oct, 2014) | Oryme_v1.3 |
EnsemblPlants | Plant | Indian wild rice | イネ・野生種 | Oryza nivara | AWHD00000000 (Aug, 2013) | Oryni |
EnsemblPlants | Plant | Red rice | イネ・野生種 | Oryza punctata | AVCL00000000 (Aug, 2013) | Orypu |
EnsemblPlants | Plant | Brownbeard rice | イネ・野生種 | Oryza rufipogon | PRJEB4137 (Aug, 2013) | PRJEB4137 |
EnsemblPlants | Plant | Rice | イネ・インディカ種 | Oryza sativa Indica | ASM465v1 (Jan, 2005) | ASM465v1 |
EnsemblPlants | Plant | Rice | イネ・ジャポニカ種 | Oryza sativa Japonica | IRGSP-1.0 | IRGSP1.0 |
EnsemblPlants | Plant | O. lucimarinus | オストレオコッカス | Ostreococcus lucimarinus | ASM9206v1 (Jan, 2011) | ASM9206v1 |
EnsemblPlants | Plant | Moss | ヒメツリガネゴケ | Physcomitrella patens | ASM242v1 (Jul, 2006) | ASM242v1 |
EnsemblPlants | Plant | Western balsam poplar | ポプラ, コットンウッド | Populus trichocarpa | JGI2.0 (Jan, 2010) | Poptr_JGI2.0 |
EnsemblPlants | Plant | Peach | モモ | Prunus persica | Prupe1_0 (Mar, 2013) | Prupe1_0 |
EnsemblPlants | Plant | Spikemoss | イヌタカヒバ | Selaginella moellendorffii | v1.0 (May, 2011) | Selml_v1.0 |
EnsemblPlants | Plant | Foxtail millet | アワ | Setaria italica | JGIv2.0 (Jan, 2012) | Setit_JGIv2.0 |
EnsemblPlants | Plant | Tomato | トマト | Solanum lycopersicum str. Heinz 1706 | SL2.50 (Oct, 2014) | SL2.50 |
EnsemblPlants | Plant | Potato | ジャガイモ | Solanum tuberosum | SolTub_3.0 (May, 2011) | SolTub_3.0 |
EnsemblPlants | Plant | Sorghum | モロコシ | Sorghum bicolor | Sorbi1 (Dec, 2007) | Sorbi1 |
EnsemblPlants | Plant | Cacao | カカオ | Theobroma cacao | Theobroma_cacao_20110822 (May, 2014) | Thecc_20110822 |
EnsemblPlants | Plant | Wheat | コムギ | Triticum aestivum | IWGSC1.0+popseq (Nov, 2014) | IWGSC1.0 |
EnsemblPlants | Plant | Red wild einkorn | ウラルツコムギ | Triticum urartu | ASM34745v1 (Apr, 2013) | ASM34745v1 |
EnsemblPlants | Plant | Grape | ブドウ | Vitis vinifera | IGGP_12x (Jun, 2011) | IGGP_12x |
EnsemblPlants | Plant | Maize, Corn | トウモロコシ | Zea mays | AGPv3 (Apr, 2013) | AGPv3 |
Phytozome | Plant | Moss | ヒメツリガネゴケ | Physcomitrella patens | v3.0 (Oct, 2007) | Ppatens_251_v3 |
Phytozome | Plant | Spikemoss | イヌタカヒバ | Selaginella moellendorffii | v1.0 (Dec, 2007) | Smoellendorffii_91_v1 |
Phytozome | Plant | Green algae | クラミドモナス | Chlamydomonas reinhardtii | v5.5 (May, 2014) | Creinhardtii_281_v5_5 |
Phytozome | Plant | O. lucimarinus | オストレオコッカス | Ostreococcus lucimarinus | v2.0 (Jan, 2011) | Olucimarinus_231_v2 |
Phytozome | Plant | C. grandiflora | ナズナ属 | Capsella grandiflora | v1.1 | Cgrandiflora_v1 |
Phytozome | Plant | Red shepherd's purse | ナズナ属 | Capsella rubella | v1.0 | Crubella_v1 |
Phytozome | Plant | Papaya | パパイア | Carica papaya | ASGPBv0.4 | Cpapaya_r.Dec2008 |
Phytozome | Plant | C. subellipsoidea | コッコミクサ属 | Coccomyxa subellipsoidea | v2.0 | CsubellipsoideaC169_v2.0 |
Phytozome | Plant | Cucumber | キュウリ | Cucumis sativus | v1.0 | Csativus_v1 |
Phytozome | Plant | Eucalyptus | ローズガム | Eucalyptus grandis | v2.0 | Egrandis_v2.0 |
Phytozome | Plant | Strawberry | エゾヘビイチゴ | Fragaria vesca | v1.1 | Fvesca_v1.1 |
Phytozome | Plant | Cotton | ワタ | Gossypium raimondii | v2.1 | Graimondii_v2.0 |
Phytozome | Plant | Flax | アマ | Linum usitatissimum | v1.0 | Lusitatissimum_BGIv1.0 |
Phytozome | Plant | Apple | リンゴ | Malus domestica | v1.0 | Mdomestica_v1.0 |
Phytozome | Plant | Cassava | キャッサバ | Manihot esculenta | v6.1 | Mesculenta_v6 |
Phytozome | Plant | Picoplanktonic green alga | ミクロモナス | Micromonas pusilla | v3.0 | MpusillaCCMP1545_v3.0 |
Phytozome | Plant | Picoplanktonic green alga | ミクロモナス | Micromonas pusilla | v3.0 | MpusillaRCC299_v3.0 |
Phytozome | Plant | Monkey flower | ミムルス | Mimulus guttatus | v2.0 | Mguttatus_v2.0 |
Phytozome | Plant | Rice | イネ | Oryza sativa | v7.0 | Osativa_v7.0 |
Phytozome | Plant | Peach | ハナモモ | Prunus persica | v2.1 | Ppersica_v2.0 |
Phytozome | Plant | Castor bean | トウゴマ | Ricinus communis | v0.1 | Rcommunis_TIGR.0.1 |
Phytozome | Plant | Giant duckweed | ウキクサ | Spirodela polyrhiza | v2 | Spolyrhiza_v1 |
Phytozome | Plant | Green alga | ボルボックス | Volvox carteri | v2.0 | Vcarteri_v2 |
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