2016-03

塩基配列をDDBJ/ENA/GenBankに登録してアクセッション番号を発行してもらい、論文のマテメソに書く というプロセスに相当(※)することを、洗練されたウェブインターフェースから簡単に行えるサービスを見つけました。実際に論文のなかでアクセッション番号の代わりに使われていたりします。

エントリの例 → https://benchling.com/s/0xgyNBMK/edit
（Zetsche et al., Cell 2015より）

(3/15追記)
※ DDBJ/ENA/GenBank国際塩基配列データベースとは独立のしくみなので、従来のアクセッション番号が発行されるわけではありません。

BenchlingというMIT発ベンチャーが提供しているサービスで、塩基配列を登録するにはユーザ登録が必要です。ユーザ登録はだれでも無料ですが、企業向けに有料の機能も提供されているようです。

何だかインターフェースが格好いいし、操作は簡単だし、こんな感じでDDBJ/ENA/GenBankに配列を登録できたらいいですね。。。

このツールでできること

• 塩基配列を超簡単に登録できる
  • ユーザ登録が必要（無料）、閲覧だけなら不要
  • NCBIなど外部DBから配列をインポートできる
  • アノテーションをつけるのが簡単（上のスクリーンショット右側を参照）
• 登録した配列に対して固定URLを発行して公開できる
  • 例: https://benchling.com/s/0xgyNBMK/edit
• GenBank Flat File (GBFF) でexport可能
• 綺麗なベクターマップや制限酵素切断マップを作成してくれる
  • しかもSVG形式でダウンロード可能
• Collaboratorを指定してチームで編集できる
  • 誰がどこを編集したか履歴が残る
• テキストや塩基配列を全文検索できる
  • Benchling内の公開配列＋自分が閲覧できるprivateな配列が対象
  • 例: https://benchling.com/search?q=ctacatggccaagaagcccg

リンク

• Benchling – https://benchling.com/