- 2015-10-27 (火) 11:37
プロフィール
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RNAiのメカニズムおよび応用技術に関する研究を、wetとdryの両方のアプローチで行ってきた。活性が高く副作用の少ないsiRNAの設計法を構築し、siRNA設計ウェブサーバ siDirect を公開。またこれを応用して、HIV-1のようなゲノム多様性の高いウィルスを標的とするRNAi法を構築した。2011年より、ライフサイエンス統合データベースセンター (DBCLS) に移り、おもに塩基配列を対象とする大規模データの利用技術開発に取り組む。遺伝子をGoogleのように検索できる統合遺伝子検索エンジン GGRNA (ググルナ)、短い塩基配列を高速に検索する GGGenome (ゲゲゲノム)、ゲノム編集のためのガイドRNA設計ソフトウェア CRISPRdirect など、wetな現場で活用できるソフトウェアを開発中。
(2014/12) 生命科学研究に役立つデータベースやウェブツールを幅広く紹介した、
『今日から使える！ データベース・ウェブツール 達人になるための実践ガイド100』（実験医学増刊）
が発行になりました。
略歴
1998年3月 筑波大学附属駒場高等学校 卒業
2002年3月 東京大学理学部生物化学科 卒業
2004年3月 東京大学大学院理学系研究科生物化学専攻 修士課程 修了
2007年3月 東京大学大学院理学系研究科生物化学専攻 博士課程 修了 博士（理学）
［2005年2月～2010年3月 厚生労働省国立感染症研究所 協力研究員］
［2006年4月～2007年3月 日本学術振興会特別研究員 （東京大学）］
2007年4月～2011年3月 東京大学大学院理学系研究科生物化学専攻 助教
2011年4月～現在 ライフサイエンス統合データベースセンター 特任助教
所属学会
- 日本分子生物学会
研究業績
原著論文
- Naito Y, Hino K, Bono H, Ui-Tei K. (2015)
CRISPRdirect: software for designing CRISPR/Cas guide RNA with reduced off-target sites.
Bioinformatics, 31, 1120-1123. - Takebe Y, Naito Y, Raghwani J, Fearnhill E, Sano T, Kusagawa S, Mbisa JL, Zhang H, Matano T, Brown AJ, Pybus OG, Dunn D, Kondo M on behalf of the UK Collaborative Group on HIV Drug Resistance. (2014)
Inter-continental dispersal of HIV-1 subtype B associated with transmission among men who have sex with men in Japan.
J. Virol. 88, 9864-9876. - Naito Y, Ui-Tei K. (2012)
Designing functional siRNA with reduced off-target effects.
Methods Mol. Biol. 942, 57-68. - Naito Y, Ui-Tei K. (2012)
siRNA design software for a target gene-specific RNA interference.
Front. Genet. 3, 102. - Naito Y, Bono H. (2012)
GGRNA: an ultrafast, transcript-oriented search engine for genes and transcripts.
Nucleic Acids Res. 40, W592-W596.
GGRNA web server at: http://GGRNA.dbcls.jp/ - Mazda M, Nishi K, Naito Y, Ui-Tei K. (2011)
E-cadherin is transcriptionally activated via suppression of ZEB1 transcriptional repressor by small RNA-mediated gene silencing.
PLoS One 6, e28688. - Narikawa K, Nishi K, Naito Y, Yonezawa S, Mazda M, Ui-Tei K. (2010)
Genome-wide identification and analysis of miRNAs complementary to upstream sequences of mRNA transcription start sites.
Gene Silencing: Theory, Techniques and Applications, 287-319. - Naito Y, Yoshimura J, Morishita S, Ui-Tei K. (2009)
siDirect 2.0: updated software for designing functional siRNA with reduced seed-dependent off-target effect.
BMC Bioinformatics 10, 392.
siDirect 2.0 web server at: http://siDirect2.RNAi.jp/ - Ui-Tei K, Nishi K, Naito Y, Zenno S, Juni A, Saigo K. (2009)
Reduced base-base interactions between the DNA seed and RNA target are the major determinants of a significant reduction in the off-target effect due to DNA-seed-containing siRNA.
Proceedings of the 2009 Micro-NanoMechatronics and Human Science (MHS2009), 298-304. - Naito Y, Nishi K, Juni A, Ui-Tei K. (2009)
Functional shRNA expression system with reduced off-target effects.
Proceedings of the 2009 Micro-NanoMechatronics and Human Science (MHS2009), 291-297. - Naito Y, Saigo K, Ui-Tei K. (2009)
Experimental validation of published siRNA design algorithms.
Small Interfering RNA: New Research, 185-194. - Ui-Tei K, Naito Y, Zenno S, Nishi K, Juni A, Tanaka A, Saigo K. (2009)
Bipartite roles of the central region of the siRNA guide strand in RNA interference due to modified siRNA with a DNA seed arm.
Research Advances in Nucleic Acids Research, 3, 1-17. - Ui-Tei K, Naito Y, Nishi K, Juni A, Saigo K. (2008)
Thermodynamic stability and Watson-Crick base pairing in the seed duplex are major determinants of the efficiency of the siRNA-based off-target effect.
Nucleic Acids Res. 36, 7100-7109. - Ui-Tei K, Zenno S, Naito Y, Takahashi F, Nishi K, Juni A, Tanaka A, Saigo K. (2008)
DNA-modified siRNA-dependent gene silencing with reduced off-target effect is induced through a pathway parallel to that for siRNA-mediated RNA interference.
Proceedings of the 2008 Micro-NanoMechatronics and Human Science (MHS2008), 339-345. - Naito Y, Saigo K, Ui-Tei K. (2008)
Evaluation of published rational siRNA design algorithms using firefly luciferase gene as a reporter.
RNA interference research progress, 3-11. - Okamoto M, Tomonari S, Naito Y, Saigo K, Noji S, Ui-Tei K, Ohuchi H. (2008)
Introduction of silencing-inducing transgene against Fgf19 does not affect expression of Tbx5 and β3-tubulin in the developing chicken retina.
Dev. Growth Differ. 50, 159-168. - Ui-Tei K, Naito Y, Zenno S, Nishi K, Yamato K, Takahashi F, Juni A, Saigo K. (2008)
Functional dissection of siRNA sequence by systematic DNA substitution: modified siRNA with a DNA seed arm is a powerful tool for mammalian gene silencing with significantly reduced off-target effect.
Nucleic Acids Res. 36, 2136-2151. - Naito Y, Nohtomi K, Onogi T, Uenishi R, Ui-Tei K, Saigo K, Takebe Y. (2007)
Optimal design and validation of antiviral siRNA for targeting HIV-1.
Retrovirology 4, 80. - Ui-Tei K, Naito Y, Saigo K. (2007)
Guidelines for the selection of effective short-interfering RNA sequences for functional genomics.
Methods Mol. Biol. 361, 201-216. - Ui-Tei K, Naito Y, Saigo K. (2006)
Essential notes regarding the design of functional siRNAs for efficient mammalian RNAi.
J. Biomed. Biotechnol. 2006, 65052. - Naito Y, Ui-Tei K, Nishikawa T, Takebe Y, Saigo K. (2006)
siVirus: web-based antiviral siRNA design software for highly divergent viral sequences.
Nucleic Acids Res. 34, W448-W450.
siVirus web server at: http://siVirus.RNAi.jp/ - Naito Y, Yamada T, Matsumiya T, Ui-Tei K, Saigo K, Morishita S. (2005)
dsCheck: highly sensitive off-target search software for double-stranded RNA-mediated RNA interference.
Nucleic Acids Res. 33, W589-W591.
dsCheck web server at: http://dsCheck.RNAi.jp/ - Naito Y, Yamada T, Ui-Tei K, Morishita S, Saigo K. (2004)
siDirect: highly effective, target-specific siRNA design software for mammalian RNA interference.
Nucleic Acids Res. 32, W124-W129.
siDirect web server at: http://design.RNAi.jp/ - Ui-Tei K, Ueda R, Zenno S, Takahashi F, Doi N, Naito Y, Yamamoto M, Hashimoto N, Takahashi K, Hamada T, Tokunaga T, Saigo K. (2004)
RNA-interference, induced by transient and continuous expression of hairpin RNA in cells from Drosophila and mammals.
Mol. Biol. 38, 276-287. [PubMed] - Ui-Tei K, Naito Y, Takahashi F, Haraguchi T, Ohki-Hamazaki H, Juni A, Ueda R, Saigo K. (2004)
Guidelines for the selection of highly effective siRNA sequences for mammalian and chick RNA interference.
Nucleic Acids Res. 32, 936-948.
学位論文
- 内藤雄樹 2006年12月 博士(理学) 申請
哺乳類細胞で有効かつ標的遺伝子に特異的なsiRNA設計法の確立とその抗ウイルスRNA干渉法への応用
総説など
- 内藤雄樹／編 (2014)
今日から使える！ データベース・ウェブツール 達人になるための実践ガイド100
実験医学増刊, 羊土社. - 日野公洋・内藤雄樹・坊農秀雅・程久美子 (2014)
CRISPR/Casシステムにおける標的認識とオフターゲット効果
実験医学 2014年7月号, p.1697-1703, 羊土社. - 内藤雄樹・坊農秀雅 (2012年5月28日)
統合遺伝子検索GGRNA：遺伝子をGoogleのように検索できるウェブサーバ
ライフサイエンス 新着論文レビュー（DBCLSからの成果発信） - 内藤雄樹・坊農秀雅 (2012)
統合遺伝子検索エンジンGGRNA
日本バイオインフォマティクス学会ニュースレター 24, 3-4. - GGRNA活用事例集（塩基配列編） 2011年8月4日
GGRNA Search Examples (protein sequences) 2012年4月22日 - GGRNA活用事例集（アミノ酸配列編） 2011年8月9日
GGRNA Search Examples (DNA sequences) 2012年4月22日 - siRNA設計法 ～RNAi効果が高く標的に特異的な配列～ 2005年11月
ウェブサーバ
- CRISPRdirect – http://crispr.dbcls.jp/
CRISPR/Cas9ゲノム編集法のためのガイドRNA設計ウェブサーバ - 統合遺伝子検索 GGRNA – http://GGRNA.dbcls.jp/
遺伝子をGoogleのように検索できるウェブサーバ - 高速塩基配列検索 GGGenome – http://GGGenome.dbcls.jp/
比較的短い塩基配列を高速に検索するウェブサーバ - プローブIDによる配列検索 Probe Search – http://probe.dbcls.jp/
マイクロアレイのプローブIDをプローブ配列に変換するウェブサーバ
- siRNA設計ウェブサーバ siDirect 2.0 – http://siDirect2.RNAi.jp/
哺乳類細胞で活性が高く標的遺伝子に特異的なsiRNAの設計ウェブサーバ - 抗ウイルスsiRNA設計ウェブサーバ siVirus – http://siVirus.RNAi.jp/
高い配列多様性をもつウイルスを標的とするsiRNAの設計ウェブサーバ - dsRNAのオフターゲット予測サーバ dsCheck – http://dsCheck.RNAi.jp/
長い二本鎖RNAから生成されるsiRNAのオフターゲット評価ツール
おまけ
- テキスト比較ツール difff《ﾃﾞｭﾌﾌ》– http://difff.jp/
日本語対応で簡単に差分が確認できるテキスト比較ツール
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