アミノ酸配列クイズ

細胞工学のバックナンバーをぱらぱらと読んでいたらこんな記事が。

問題　次のアミノ酸配列のうち、自然界に存在するタンパク質中にあるのはどれでしょうか？
※「自然界に存在する…..」の意味は、アミノ酸ポリマーを実験的に示したのではなく、遺伝子から翻訳された配列に見いだされるということ。

1. AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
2. CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC
3. DDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDD
4. EEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEE
5. FFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFF
6. GGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGG
7. HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
8. IIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIII
9. KKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKK
10. LLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLL
11. MMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMM
12. NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
13. PPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPP
14. QQQQQQQQQQQQQQQQQQQQQQQQQQQQQQ
15. RRRRRRRRRRRRRRRRRRRRRRRRRRRRRR
16. SSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSS
17. TTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTT
18. VVVVVVVVVVVVVVVVVVVVVVVVVVVVVV
19. WWWWWWWWWWWWWWWWWWWWWWWWWWWWWW
20. YYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYY

（大海 忍「第1回 せるてQuiz」細胞工学 Vol. 30, No. 7, pp.766 より引用）

さっそく全部の配列を検索窓に入れてGGRNAで検索（10秒くらいかかる）。GGRNAは複数のキーワードを入れた場合にAND検索をおこないますが、個々のキーワードごとにヒット件数を表示してくれます。

ヒトで検索した場合：

poly Qは予想していましたが、EとかSを30個繋げた配列もあるのですね。

こんどはショウジョウバエで検索してみます。E、Q、Tの×30がヒットしています。

細胞工学のサイトにこの問題の答えが掲載されています。

• http://gakken-mesh.jp/files/contents/164.pdf

これによると、2011年4月1日の時点でNCBIのnrのなかにはC、M、Wを30個繋げた配列以外はすべて存在するとのこと。GGRNAで見つからなかったものをBLASTしてみると、なるほど、GGRNAが対応していない生物種にヒットしているようです。すごいな・・・

完全に遊びですが、「aa:GGRNA」とか「aa:GGRE」とか「aa:MERCI」とか試しにGGRNA検索すると配列が見つかります。BLASTでは時間がかかるので探す気がおきないのですが、GGRNAは1秒くらいで検索できるのでいろいろ遊んでしまいます。