統合データベース講習会AJACSa三島

統合データベース講習会AJACSa三島の資料を掲載しています。

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自己紹介

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siRNA設計ウェブサーバ

• siDirect (http://siDirect2.RNAi.jp/)
• 統合TVによる解説動画
  • siDirectでsiRNAを設計する2011
  • siDirectのオプションを使いこなす & shRNAを設計する

統合遺伝子検索GGRNAの検索例

• GGRNAトップページ – http://GGRNA.dbcls.jp/
• 統合TVによる解説動画
  • GGRNAで遺伝子をGoogleのように検索する
• ヒトのnanogを検索 – http://GGRNA.dbcls.jp/hs/nanog
• Accession番号から検索 –  http://GGRNA.dbcls.jp/NM_003380
• 塩基配列から検索
  • 13bp – http://GGRNA.dbcls.jp/hs/caagaagagattg
  • 10bp – http://GGRNA.dbcls.jp/hs/caagaagaga
  • 7bp – http://GGRNA.dbcls.jp/hs/caagaag
• アミノ酸配列から検索 – http://GGRNA.dbcls.jp/SEHPL+MTCQSC
• PCRプライマー検索 – http://GGRNA.dbcls.jp/hs/seq%3aagctcattactttatcagtgca+comp%3atgacgtattcactcttctggtt
• マイクロアレイのプローブ検索 – http://GGRNA.dbcls.jp/1552311_a_at

高速配列検索GGGenomeの検索例

• GGGenomeトップページ – http://GGGenome.dbcls.jp/
• 統合TVによる解説動画
  • 高速配列検索 GGGenome《ゲゲゲノム》の使い方
• ミスマッチやギャップを含む検索 – http://GGGenome.dbcls.jp/hg19/2/TTCACTGACAACATTGAGTA

表計算ソフトで塩基配列検索

• Googleスプレッドシート を参照

GGGenomeのヒットをゲノムブラウザ上に表示

1. UCSCゲノムブラウザ (http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgGateway)
2. 「add custom tracks」ボタン
3. 「http://GGGenome.dbcls.jp/hg19/(検索したい配列).bed」と入力

CRISPR/Casシステムのターゲット配列設計

• CRISPRdirect (http://crispr.dbcls.jp/)
• 統合TVによる解説動画
  • CRISPRdirectを使ってCRISPR/Cas法のガイドRNA配列を設計する

おまけ

• テキスト比較ツール difff《ﾃﾞｭﾌﾌ》(http://difff.jp/)
•  統合TVによる解説動画
  • difff《ﾃﾞｭﾌﾌ》を使って文章の変更箇所を調べる
• 『今日から使える！ データベース・ウェブツール 達人になるための実践ガイド100』
  実験医学増刊 2014年12月発行