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GGGenomeで塩基配列のモチーフを検索してゲノムブラウザに表示する

  • 2015-12-18 (金) 17:26
  • DBCLS

統合TVの「GGGenome 《ゲゲゲノム》 で転写因子結合サイトを検索してゲノムブラウザに表示する」では、検索結果をBED形式で取得してUCSCゲノムブラウザのcustom trackに登録することにより、GGGenomeのヒットをゲノムブラウザ上に可視化する方法を解説しています。

この記事では、同様のことをもっと簡単にできる方法を紹介します。

  1. GGGenomeでヒトゲノムhg19を対象に TCYTTGACAR を検索。55201件のヒットが表示されます。

    http://GGGenome.dbcls.jp/hg19/TCYTTGACAR

    GGGenome_html

  2. URLの最後に「.bed」をつけ、BED形式にする。

    http://GGGenome.dbcls.jp/hg19/TCYTTGACAR.bed

    GGGenome_bed

  3. このURLをもとに、UCSCゲノムブラウザのURLを作成。

    http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgTracks?db=hg19&position=chrX:74200000-74600000&hgt.customText=http://GGGenome.dbcls.jp/hg19/TCYTTGACAR.bed

    UCSC_customtrack

    緑色にハイライトされている部分がGGGenomeのヒットです。

    このように、URLのなかにBEDデータの場所(http://GGGenome.dbcls.jp/hg19/TCYTTGACAR.bed)を指定するだけで、GGGenomeのヒットを簡単にゲノムブラウザ上に表示することができます。上の例では、表示する領域を position=chrX:74200000-74600000 のように指定していますが、空欄でも問題ありません。

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