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2015-02
GGGenomeに約100種のゲノムを追加
- 2015-02-05 (木)
- DBCLS
高速な塩基配列の検索サービスである GGGenome に、UCSCで公開されている全生物種のゲノムを追加しました。複数のバージョンがある場合は基本的に最新版を取り入れましたが、現在よく使われているバージョンがある場合はそれも入れました（ヒト：hg38, hg19）。
まだGGGenomeのメニューからは選択できませんが、下記の「Link to GGGenome」からそれぞれの生物種を検索できるページに飛べます。GGGenomeのメニューはこれから整備する予定です。
（8/19追記）GGGenomeのメニューから生物種を検索しつつ選択できるようにしました。ここに記載のない生物種も順次追加しており、最新情報はGGGenomeのヘルプページのなかの 検索可能なデータベース一覧 に掲載しています。
GGGenomeで検索できるUCSCゲノム一覧
| Source | Group | Species | 和名 | 学名 | Assembly | Link to GGGenome |
|---|---|---|---|---|---|---|
| UCSC | Mammal | Human | ヒト | Homo sapiens | GRCh38/hg38 (Dec, 2013) | hg38 |
| UCSC | Mammal | Human | ヒト | Homo sapiens | GRCh37/hg19 (Feb, 2009) | hg19 |
| UCSC | Mammal | Mouse | マウス | Mus musculus | GRCm38/mm10 (Dec, 2011) | mm10 |
| UCSC | Mammal | Mouse | マウス | Mus musculus | NCBI37/mm9 (Jul, 2007) | mm9 |
| UCSC | Mammal | Alpaca | アルパカ | Vicugna pacos | Vicugna_pacos-2.0.1/vicPac2 (Mar, 2013) | vicPac2 |
| UCSC | Mammal | Armadillo | アルマジロ | Dasypus novemcinctus | Baylor/dasNov3 (Dec, 2011) | dasNov3 |
| UCSC | Mammal | Baboon | ヒヒ | Papio anubis | Baylor Panu_2.0/papAnu2 (Mar, 2012) | papAnu2 |
| UCSC | Mammal | Bushbaby | オオガラゴの一種 | Otolemur garnettii | Broad/otoGar3 (Mar, 2011) | otoGar3 |
| UCSC | Mammal | Cat | ネコ | Felis catus | ICGSC Felis_catus 6.2/felCat5 (Sep, 2011) | felCat5 |
| UCSC | Mammal | Chimp | チンパンジー | Pan troglodytes | CSAC 2.1.4/panTro4 (Feb, 2011) | panTro4 |
| UCSC | Mammal | Chinese hamster | チャイニーズハムスター | Cricetulus griseus | C_griseus_v1.0/criGri1 (Jul, 2013) | criGri1 |
| UCSC | Mammal | Cow | ウシ | Bos taurus | Bos_taurus_UMD_3.1.1/bosTau8 (Jun, 2014) | bosTau8 |
| UCSC | Mammal | Dog | イヌ | Canis lupus familiaris | Broad CanFam3.1/canFam3 (Sep, 2011) | canFam3 |
| UCSC | Mammal | Dolphin | イルカ | Tursiops truncatus | Baylor Ttru_1.4/turTru2 (Oct, 2011) | turTru2 |
| UCSC | Mammal | Elephant | ゾウ | Loxodonta africana | Broad/loxAfr3 (Jul, 2009) | loxAfr3 |
| UCSC | Mammal | Ferret | フェレット | Mustela putorius furo | MusPutFur1.0/musFur1 (Apr, 2011) | musFur1 |
| UCSC | Mammal | Gibbon | テナガザル | Nomascus leucogenys | GGSC Nleu3.0/nomLeu3 (Oct, 2012) | nomLeu3 |
| UCSC | Mammal | Gorilla | ゴリラ | Gorilla gorilla gorilla | gorGor3.1/gorGor3 (May, 2011) | gorGor3 |
| UCSC | Mammal | Guinea pig | モルモット | Cavia porcellus | Broad/cavPor3 (Feb, 2008) | cavPor3 |
| UCSC | Mammal | Hedgehog | ハリネズミ | Erinaceus europaeus | EriEur2.0/eriEur2 (May, 2012) | eriEur2 |
| UCSC | Mammal | Horse | ウマ | Equus caballus | Broad/equCab2 (Sep, 2007) | equCab2 |
| UCSC | Mammal | Kangaroo rat | カンガルーネズミ | Dipodomys ordii | Broad/dipOrd1 (Jul, 2008) | dipOrd1 |
| UCSC | Mammal | Manatee | マナティー | Trichechus manatus latirostris | Broad v1.0/triMan1 (Oct, 2011) | triMan1 |
| UCSC | Mammal | Marmoset | マーモセット | Callithrix jacchus | WUGSC 3.2/calJac3 (Mar, 2009) | calJac3 |
| UCSC | Mammal | Megabat | オオコウモリ | Pteropus vampyrus | Broad/pteVam1 (Jul, 2008) | pteVam1 |
| UCSC | Mammal | Microbat | ココウモリ | Myotis lucifugus | Broad Institute Myoluc2.0/myoLuc2 (Jul, 2010) | myoLuc2 |
| UCSC | Mammal | Minke whale | ミンククジラ | Balaenoptera acutorostrata scammoni | BalAcu1.0/balAcu1 (Oct, 2013) | balAcu1 |
| UCSC | Mammal | Mouse lemur | ネズミキツネザル | Microcebus murinus | Broad/micMur1 (Jul, 2007) | micMur1 |
| UCSC | Mammal | Naked mole-rat | ハダカデバネズミ | Heterocephalus glaber | Broad HetGla_female_1.0/hetGla2 (Jan, 2012) | hetGla2 |
| UCSC | Mammal | Opossum | オポッサム | Monodelphis domestica | Broad/monDom5 (Oct, 2006) | monDom5 |
| UCSC | Mammal | Orangutan | オランウータン | Pongo pygmaeus abelii | WUGSC 2.0.2/ponAbe2 (Jul, 2007) | ponAbe2 |
| UCSC | Mammal | Panda | パンダ | Ailuropoda melanoleuca | BGI-Shenzhen 1.0/ailMel1 (Dec, 2009) | ailMel1 |
| UCSC | Mammal | Pig | ブタ | Sus scrofa | SGSC Sscrofa10.2/susScr3 (Aug, 2011) | susScr3 |
| UCSC | Mammal | Pika | ナキウサギ | Ochotona princeps | OchPri3.0/ochPri3 (May, 2012) | ochPri3 |
| UCSC | Mammal | Platypus | カモノハシ | Ornithorhynchus anatinus | WUGSC 5.0.1/ornAna1 (Mar, 2007) | ornAna1 |
| UCSC | Mammal | Rabbit | ウサギ | Oryctolagus cuniculus | Broad/oryCun2 (Apr, 2009) | oryCun2 |
| UCSC | Mammal | Rat | ラット | Rattus norvegicus | RGSC 6.0/rn6 (Jul, 2014) | rn6 |
| UCSC | Mammal | Rat | ラット | Rattus norvegicus | RGSC 5.0/rn5 (Mar, 2012) | rn5 |
| UCSC | Mammal | Rhesus | アカゲザル | Macaca mulatta | BGI CR_1.0/rheMac3 (Oct, 2010) | rheMac3 |
| UCSC | Mammal | Rock hyrax | ケープハイラックス | Procavia capensis | Broad/proCap1 (Jul, 2008) | proCap1 |
| UCSC | Mammal | Sheep | ヒツジ | Ovis aries | ISGC Oar_v3.1/oviAri3 (Aug, 2012) | oviAri3 |
| UCSC | Mammal | Shrew | トガリネズミ | Sorex araneus | Broad/sorAra2 (Aug, 2008) | sorAra2 |
| UCSC | Mammal | Sloth | ナマケモノ | Choloepus hoffmanni | Broad/choHof1 (Jul, 2008) | choHof1 |
| UCSC | Mammal | Squirrel | リス | Spermophilus tridecemlineatus | Broad/speTri2 (Nov, 2011) | speTri2 |
| UCSC | Mammal | Squirrel monkey | リスザル | Saimiri boliviensis | Broad/saiBol1 (Oct, 2011) | saiBol1 |
| UCSC | Mammal | Tarsier | メガネザル | Tarsius syrichta | Broad/tarSyr1 (Aug, 2008) | tarSyr1 |
| UCSC | Mammal | Tasmanian devil | タスマニアデビル | Sarcophilus harrisii | WTSI Devil_ref v7.0/sarHar1 (Feb, 2011) | sarHar1 |
| UCSC | Mammal | Tenrec | テンレック | Echinops telfairi | Broad/echTel2 (Nov, 2012) | echTel2 |
| UCSC | Mammal | Tree shrew | ツパイ | Tupaia belangeri | Broad/tupBel1 (Dec, 2006) | tupBel1 |
| UCSC | Mammal | Wallaby | ワラビー | Macropus eugenii | TWGS Meug_1.1/macEug2 (Sep, 2009) | macEug2 |
| UCSC | Mammal | White rhinoceros | シロサイ | Ceratotherium simum | CerSimSim1.0/cerSim1 (May, 2012) | cerSim1 |
| UCSC | Vertebrate | American alligator | アメリカアリゲーター | Alligator mississippiensis | allMis0.2/allMis1 (Aug, 2012) | allMis1 |
| UCSC | Vertebrate | Atlantic cod | タイセイヨウダラ | Gadus morhua | Genofisk GadMor_May2010/gadMor1 (May, 2010) | gadMor1 |
| UCSC | Vertebrate | Budgerigar | セキセイインコ | Melopsittacus undulatus | WUSTL v6.3/melUnd1 (Sep, 2011) | melUnd1 |
| UCSC | Vertebrate | Chicken | ニワトリ | Gallus gallus | ICGSC Gallus_gallus-4.0/galGal4 (Nov, 2011) | galGal4 |
| UCSC | Vertebrate | Coelacanth | シーラカンス | Latimeria chalumnae | Broad/latCha1 (Aug, 2011) | latCha1 |
| UCSC | Vertebrate | Elephant shark | ゾウギンザメ | Callorhinchus milii | Callorhinchus_milii-6.1.3/calMil1 (Dec, 2013) | calMil1 |
| UCSC | Vertebrate | Fugu | フグ | Takifugu rubripes | FUGU5/fr3 (Oct, 2011) | fr3 |
| UCSC | Vertebrate | Lamprey | ヤツメウナギ | Petromyzon marinus | WUGSC 7.0/petMar2 (Sep, 2010) | petMar2 |
| UCSC | Vertebrate | Lizard | トカゲ | Anolis carolinensis | Broad AnoCar2.0/anoCar2 (May, 2010) | anoCar2 |
| UCSC | Vertebrate | Medaka | メダカ | Oryzias latipes | NIG/UT MEDAKA1/oryLat2 (Oct, 2005) | oryLat2 |
| UCSC | Vertebrate | Medium ground finch | ガラパゴスフィンチ | Geospiza fortis | GeoFor_1.0/geoFor1 (Apr, 2012) | geoFor1 |
| UCSC | Vertebrate | Nile tilapia | ナイルティラピア | Oreochromis niloticus | Broad oreNil1.1/oreNil2 (Jan, 2011) | oreNil2 |
| UCSC | Vertebrate | Painted turtle | ニシキガメ | Chrysemys picta bellii | v3.0.1/chrPic1 (Dec, 2011) | chrPic1 |
| UCSC | Vertebrate | Stickleback | トゲウオ | Gasterosteus aculeatus | Broad/gasAcu1 (Feb, 2006) | gasAcu1 |
| UCSC | Vertebrate | Tetraodon | ミドリフグ | Tetraodon nigroviridis | Genoscope 8.0/tetNig2 (Mar, 2007) | tetNig2 |
| UCSC | Vertebrate | Turkey | シチメンチョウ | Meleagris gallopavo | TGC Turkey_2.01/melGal1 (Dec, 2009) | melGal1 |
| UCSC | Vertebrate | X. tropicalis | ネッタイツメガエル | Xenopus tropicalis | JGI 4.2/xenTro3 (Nov, 2009) | xenTro3 |
| UCSC | Vertebrate | Zebra finch | キンカチョウ | Taeniopygia guttata | WashU taeGut324/taeGut2 (Feb, 2013) | taeGut2 |
| UCSC | Vertebrate | Zebrafish | ゼブラフィッシュ | Danio rerio | Zv9/danRer7 (Jul, 2010) | danRer7 |
| UCSC | Deuterostome | C. intestinalis | カタユウレイボヤ | Ciona intestinalis | JGI 2.1/ci2 (Mar, 2005) | ci2 |
| UCSC | Deuterostome | Lancelet | ナメクジウオ | Branchiostoma floridae | JGI 1.0/braFlo1 (Mar, 2006) | braFlo1 |
| UCSC | Deuterostome | S. purpuratus | ムラサキウニ | Strongylocentrotus purpuratus | Baylor 2.1/strPur2 (Sep, 2006) | strPur2 |
| UCSC | Insect | A. gambiae | ハマダラカ | Anopheles gambiae | IAGEC MOZ2/anoGam1 (Feb, 2003) | anoGam1 |
| UCSC | Insect | A. mellifera | ミツバチ | Apis mellifera | Baylor 2.0/apiMel2 (Jan, 2005) | apiMel2 |
| UCSC | Insect | D. ananassae | アナナスショウジョウバエ | Drosophila ananassae | Agencourt prelim/droAna2 (Aug, 2005) | droAna2 |
| UCSC | Insect | D. erecta | キリシマキノコショウジョウバエ | Drosophila erecta | Agencourt prelim/droEre1 (Aug, 2005) | droEre1 |
| UCSC | Insect | D. grimshawi | ショウジョウバエ属 | Drosophila grimshawi | Agencourt prelim/droGri1 (Aug, 2005) | droGri1 |
| UCSC | Insect | D. melanogaster | キイロショウジョウバエ | Drosophila melanogaster | BDGP Release 6 + ISO1 MT/dm6 (Aug, 2014) | dm6 |
| UCSC | Insect | D. melanogaster | キイロショウジョウバエ | Drosophila melanogaster | BDGP R5/dm3 (Apr, 2006) | dm3 |
| UCSC | Insect | D. mojavensis | ショウジョウバエ属 | Drosophila mojavensis | Agencourt prelim/droMoj2 (Aug, 2005) | droMoj2 |
| UCSC | Insect | D. persimilis | ショウジョウバエ属 | Drosophila persimilis | Broad/droPer1 (Oct, 2005) | droPer1 |
| UCSC | Insect | D. pseudoobscura | ニセウスグロショウジョウバエ | Drosophila pseudoobscura | FlyBase 1.03/dp3 (Nov, 2004) | dp3 |
| UCSC | Insect | D. sechellia | セイシェルショウジョウバエ | Drosophila sechellia | Broad/droSec1 (Oct, 2005) | droSec1 |
| UCSC | Insect | D. simulans | オナジショウジョウバエ | Drosophila simulans | WUGSC mosaic 1.0/droSim1 (Apr, 2005) | droSim1 |
| UCSC | Insect | D. virilis | クロショウジョウバエ | Drosophila virilis | Agencourt prelim/droVir2 (Aug, 2005) | droVir2 |
| UCSC | Insect | D. yakuba | ヤクバショウジョウバエ | Drosophila yakuba | WUGSC 7.1/droYak2 (Nov, 2005) | droYak2 |
| UCSC | Nematode | C. brenneri | 線虫 | Caenorhabditis brenneri | WUGSC 6.0.1/caePb2 (Feb, 2008) | caePb2 |
| UCSC | Nematode | C. briggsae | 線虫 | Caenorhabditis briggsae | WUGSC 1.0/cb3 (Jan, 2007) | cb3 |
| UCSC | Nematode | C. elegans | 線虫 | Caenorhabditis elegans | WS220/ce10 (Oct, 2010) | ce10 |
| UCSC | Nematode | C. japonica | 線虫 | Caenorhabditis japonica | WUGSC 3.0.2/caeJap1 (Mar, 2008) | caeJap1 |
| UCSC | Nematode | C. remanei | 線虫 | Caenorhabditis remanei | WUGSC 15.0.1/caeRem3 (May, 2007) | caeRem3 |
| UCSC | Nematode | P. pacificus | 線虫 | Pristionchus pacificus | WUGSC 5.0/priPac1 (Feb, 2007) | priPac1 |
| UCSC | Other | S. cerevisiae | 出芽酵母 | Saccharomyces cerevisiae | SacCer_Apr2011/sacCer3 (Apr, 2011) | sacCer3 |
| UCSC | Other | Sea hare | アメフラシ | Aplysia californica | Broad 2.0/aplCal1 (Sep, 2008) | aplCal1 |
| UCSC | Viruses | Ebola virus | エボラウイルス | Filoviridae ebolavirus | Sierra Leone G3683/KM034562.1/eboVir3 (Jun, 2014) | eboVir3 |
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