2015-12

統合TVの「GGGenome 《ゲゲゲノム》 で転写因子結合サイトを検索してゲノムブラウザに表示する」では、検索結果をBED形式で取得してUCSCゲノムブラウザのcustom trackに登録することにより、GGGenomeのヒットをゲノムブラウザ上に可視化する方法を解説しています。

この記事では、同様のことをもっと簡単にできる方法を紹介します。

1. GGGenomeでヒトゲノムhg19を対象に TCYTTGACAR を検索。55201件のヒットが表示されます。

   http://GGGenome.dbcls.jp/hg19/TCYTTGACAR
   
   

2. URLの最後に「.bed」をつけ、BED形式にする。

   http://GGGenome.dbcls.jp/hg19/TCYTTGACAR.bed

   

3. このURLをもとに、UCSCゲノムブラウザのURLを作成。

   http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgTracks?db=hg19&position=chrX:74200000-74600000&hgt.customText=http://GGGenome.dbcls.jp/hg19/TCYTTGACAR.bed

   

   緑色にハイライトされている部分がGGGenomeのヒットです。

   このように、URLのなかにBEDデータの場所（http://GGGenome.dbcls.jp/hg19/TCYTTGACAR.bed）を指定するだけで、GGGenomeのヒットを簡単にゲノムブラウザ上に表示することができます。上の例では、表示する領域を position=chrX:74200000-74600000 のように指定していますが、空欄でも問題ありません。