バイオハッカーソン、他

GGRNA論文化

このへんでGGRNAをpublishしたいと考えて論文を書いているところです。

GGRNA詳細検索ページ

GGRNAはどんなクエリでもひとつの窓に入れればよいという簡単さを大切にしています。検索条件を細かく指定したいときは、seq: とか symbol: のような タグ をつければよいのですが、少々煩雑なうえ覚えていないと面倒。そこでもっと簡単に詳細な検索ができるページを、別に用意しました。

• Advanced Search – http://GGRNA.dbcls.jp/advanced.html

これは、2つのPCRプライマー配列を手がかりに遺伝子を検索している例です。2番目の塩基配列は「相補鎖を検索」にチェックを付けています。検索ボタンを押すとNFKB1がヒットします。

ちなみに、それぞれの欄に検索のキーワードを入れると、ページの一番下にある緑色っぽい部分に、タグをつけた検索式を自動生成して表示してくれます。この検索式をGGRNAの検索窓に入れてもまったく同じ結果が出ます。

BH11.11参加、GGRNAのREST API開発

11/21〜23の期間、伊豆の修善寺で行われた統合データベース技術情報交換ワークショップ（国内版バイオハッカーソン BH11.11）に部分参加しました。バイオハッカーソンとはバイオ＋ハック＋マラソンの造語で、数日のあいだ山に籠もってハッキングする（集中的に開発する）合宿です。参加者どうしで協力し合って短期間にプログラムを書くという機会は、開発がはかどるし、何より楽しいです。5日間のうちの前半の3日間だけでしたが、参加してよかったです。

私はこのハッカーソンで、GGRNAのAPIを開発することにしました。GGRNAが提供している「遺伝子を探す」という機能は、センター内外の他のサービスと連携できるはずだからです（遺伝子名を入れてねフォームなど）。

API開発のための知識はほとんどありませんでしたが、そういえば以前にTwitterのAPIを利用してロボットを書いたなあ（下記参照）、などと思い出し、RESTとJSONについて TogoWS や Twitter API を参考に調べ始めました（1日目）。

参考資料　Perlでtwitterクライアントを書いてみた by めそ
自分のタイムライン取得.pl → https://gist.github.com/1153778
指定ユーザのツイート取得.pl → https://gist.github.com/1153781
ダイレクトメッセージ取得.pl → https://gist.github.com/1153782
指定ユーザのフォロワー一覧を取得.pl → https://gist.github.com/1213322
指定ユーザのフォロー一覧を取得.pl → https://gist.github.com/1213324

RESTとJSONの概要や、Perl向けの素敵モジュールを @yayamamo さんから教えていただいて開発が一気に加速（2日目）。何とか動くものを完成させました（3日目の午前中）。仕様がまだ固まっていないので正式公開とは言えないのですが、プレビューとしてはこんな感じで動いています。

GGRNA REST APIの仕様（暫定）

http://GGRNA.dbcls.jp/api/species/query+string[.format]

species → hs, mm, dm, … （GGRNAが対応している生物種の学名の頭文字）
query+string → GGRNA検索窓に入れる単語。特殊文字はURLエンコードすること。
format → txt または json 。省略時は txt になる。

TogoWSに準拠させています。TogoWSの解説動画はこちら → 統合TV
ウェブで検索した結果と同じ情報が出力されます。

検索例：

• http://GGRNA.dbcls.jp/api/hs/NM_001518.txt
  → ヒトで「NM_001518」を検索してタブ区切りテキストで取得
• http://GGRNA.dbcls.jp/api/mm/homeobox.txt
  → マウスで「homeobox」を検索してタブ区切りテキストで取得
• http://GGRNA.dbcls.jp/api/dm/%22RNA+interference%22.json
  → ショウジョウバエで「”RNA interference”」を検索してJSONで取得
  URLでは ” は %22、スペースは + にエンコードされている
• http://GGRNA.dbcls.jp/api/hs/caagaagagattg.json
  → ヒトで「caagaagagattg」を検索してJSONで取得

JSONViewプラグイン