mesoの実験ノート
Benchlingで塩基配列を登録＆公開する
- 2016-03-15 (火)
- DBCLS
塩基配列をDDBJ/ENA/GenBankに登録してアクセッション番号を発行してもらい、論文のマテメソに書く というプロセスに相当(※)することを、洗練されたウェブインターフェースから簡単に行えるサービスを見つけました。実際に論文のなかでアクセッション番号の代わりに使われていたりします。
エントリの例 → https://benchling.com/s/0xgyNBMK/edit
（Zetsche et al., Cell 2015より）
(3/15追記)
※ DDBJ/ENA/GenBank国際塩基配列データベースとは独立のしくみなので、従来のアクセッション番号が発行されるわけではありません。
BenchlingというMIT発ベンチャーが提供しているサービスで、塩基配列を登録するにはユーザ登録が必要です。ユーザ登録はだれでも無料ですが、企業向けに有料の機能も提供されているようです。
何だかインターフェースが格好いいし、操作は簡単だし、こんな感じでDDBJ/ENA/GenBankに配列を登録できたらいいですね。。。
このツールでできること
- 塩基配列を超簡単に登録できる
- ユーザ登録が必要（無料）、閲覧だけなら不要
- NCBIなど外部DBから配列をインポートできる
- アノテーションをつけるのが簡単（上のスクリーンショット右側を参照）
- 登録した配列に対して固定URLを発行して公開できる
- GenBank Flat File (GBFF) でexport可能
- 綺麗なベクターマップや制限酵素切断マップを作成してくれる
- しかもSVG形式でダウンロード可能
- Collaboratorを指定してチームで編集できる
- 誰がどこを編集したか履歴が残る
- テキストや塩基配列を全文検索できる
- Benchling内の公開配列＋自分が閲覧できるprivateな配列が対象
- 例: https://benchling.com/search?q=ctacatggccaagaagcccg
リンク
- Benchling – https://benchling.com/
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塩基配列エントリの詳細な履歴を確認する
- 2016-02-26 (金)
- DBCLS
塩基配列が修正されるとアクセッション番号（例: A12345.1）の小数点以下の部分（バージョン）が上がる。
配列の修正がなくアノテーションのみ修正された場合、バージョンは変わらないが1行目の日付（例: 23-MAR-2015）が更新される。
履歴を確認する方法
- DDBJのgethistory（ヘルプ）
http://getentry.ddbj.nig.ac.jp/gethistory/na/CH471116?filetype=html
http://getentry.ddbj.nig.ac.jp/gethistory/na/CH471116 - ENA
https://www.ebi.ac.uk/cgi-bin/sva/sva.pl?query=CH471116&search=Go - NCBI
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/CH471116?report=girevhist - RefSeq → NCBIにて提供
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NM_152896?report=girevhist
NCBIでは、塩基配列のエントリを表示した状態でFormatを Revision Histrory にすると上記の履歴ページになる：
リンク
- 塩基配列エントリの詳細な履歴を確認する / Togetterまとめ
- 国際塩基配列データベースのアクセッション番号 / DDBJのヘルプ
- DDBJ のデータ公開形式 (flat file) の説明 / DDBJのヘルプ
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GGGenomeで塩基配列のモチーフを検索してゲノムブラウザに表示する
- 2015-12-18 (金)
- DBCLS
統合TVの「GGGenome 《ゲゲゲノム》 で転写因子結合サイトを検索してゲノムブラウザに表示する」では、検索結果をBED形式で取得してUCSCゲノムブラウザのcustom trackに登録することにより、GGGenomeのヒットをゲノムブラウザ上に可視化する方法を解説しています。
この記事では、同様のことをもっと簡単にできる方法を紹介します。
- GGGenomeでヒトゲノムhg19を対象に TCYTTGACAR を検索。55201件のヒットが表示されます。
- URLの最後に「.bed」をつけ、BED形式にする。
http://GGGenome.dbcls.jp/hg19/TCYTTGACAR.bed
- このURLをもとに、UCSCゲノムブラウザのURLを作成。
緑色にハイライトされている部分がGGGenomeのヒットです。
このように、URLのなかにBEDデータの場所（http://GGGenome.dbcls.jp/hg19/TCYTTGACAR.bed）を指定するだけで、GGGenomeのヒットを簡単にゲノムブラウザ上に表示することができます。上の例では、表示する領域を position=chrX:74200000-74600000 のように指定していますが、空欄でも問題ありません。
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CRISPRdirectに約200種類の生物種を追加
- 2015-10-13 (火)
- DBCLS
CRISPR/Cas9のためのガイドRNA設計ソフトウェア CRISPRdirect に約200種類のゲノムを追加しました。対応した生物種は ヘルプページ から確認できますが、おもに UCSC、Ensembl、Ensembl Metazoa、Ensembl Plants、Phytozome が提供するゲノムのうち、GGGenome で検索できるものに対応しました。
GGGenomeと同様、プルダウンメニューから生物種や学名などを検索しつつ選択することができます。メニューをクリックすると文字を入力できることがわかりにくかったので、虫眼鏡のアイコンをつけ、動作も少し見直しました。
非モデル生物でのCRISPR/Cas9にも、ぜひCRISPRdirectを使っていただければと思います。
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GGGenomeに約110種のゲノムを追加
- 2015-09-09 (水)
- DBCLS
高速塩基配列 GGGenome に111種のゲノムを追加しました。追加したゲノムは、Ensembl、Ensembl Metazoa、Ensembl Plants、Phytozome が提供するゲノムのうち、まだGGGenomeに入っていなかったもの全てです。ただし、Phytozome については利用制限がついていない “Public” なものだけを追加しました。
今回のアップデートで、GGGenomeで検索できる生物は約210種になりました。とくに、今まで手薄だった植物を大幅に拡充し、60以上の種に対応させることができました。
現在GGGenomeで検索できるゲノムの一覧を、ヘルプページのなかの 検索可能なデータベース一覧 に掲載しました。また、GGGenomeのプルダウンメニューから、生物種や学名などでインクリメンタル検索しながら選択することもできます。
今回のアップデートで追加したゲノム一覧
| Source | Group | Species | 和名 | 学名 | Assembly | Link to GGGenome |
|---|---|---|---|---|---|---|
| Ensembl | Mammal | Aardvark | ツチブタ | Orycteropus afer | OryAfe1.0 (May, 2012) | OryAfe1.0 |
| Ensembl | Vertebrate | Amazon molly | アマゾンモーリー | Poecilia formosa | Poecilia_formosa-5.1.2 (Oct, 2013) | PoeFor_5.1.2 |
| Ensembl | Deuterostome | Pacific transparent sea squirt | ユウレイボヤ | Ciona savignyi | CSAV 2.0 (Oct, 2005) | CSAV2.0 |
| Ensembl | Vertebrate | Blind cave fish | ブラインドケープテトラ | Astyanax mexicanus | AstMex102 (Apr, 2013) | AstMex102 |
| Ensembl | Vertebrate | Chinese softshell turtle | スッポン | Pelodiscus sinensis | PelSin_1.0 (Oct, 2011) | PelSin_1.0 |
| Ensembl | Mammal | Crab-eating macaque | カニクイザル | Macaca fascicularis | MacFas5.0 (Jun, 2013) | MacFas5.0 |
| Ensembl | Vertebrate | Duck | マガモ | Anas platyrhynchos | BGI_duck_1.0 (Apr, 2013) | BGI_duck_1.0 |
| Ensembl | Vertebrate | Flycatcher | シロエリヒタキ | Ficedula albicollis | FicAlb_1.4 (Jan, 2012) | FicAlb_1.4 |
| Ensembl | Mammal | Hamadryas baboon | マントヒヒ | Papio hamadryas | Pham (Nov, 2008) | Pham |
| Ensembl | Vertebrate | Platyfish | サザンプラティフィッシュ | Xiphophorus maculatus | Xipmac4.4.2 (Jan, 2012) | Xipmac4.4.2 |
| Ensembl | Mammal | Prairie vole | ハタネズミ | Microtus ochrogaster | MicOch1.0 (Nov, 2012) | MicOch1.0 |
| Ensembl | Mammal | Sperm whale | マッコウクジラ | Physeter macrocephalus | PhyMac_2.0.2 (Sep, 2013) | PhyMac_2.0.2 |
| Ensembl | Vertebrate | Spotted gar | スポッテッドガー | Lepisosteus oculatus | LepOcu1 (Dec, 2011) | LepOcu1 |
| Ensembl | Mammal | Green monkey | ミドリザル | Chlorocebus sabaeus | ChlSab1.1 (Mar, 2014) | ChlSab1.1 |
| EnsemblMetazoa | Insect | Pea aphid | エンドウヒゲナガアブラムシ | Acyrthosiphon pisum | Acyr_2.0 (Jun, 2010) | Acyr_2.0 |
| EnsemblMetazoa | Insect | Yellowfever mosquito | ネッタイシマカ | Aedes aegypti | AaegL3 (Dec, 2013) | AaegL3 |
| EnsemblMetazoa | Metazoa | Sponge | カイメン | Amphimedon queenslandica | Aqu1 (Oct, 2010) | Aqu1 |
| EnsemblMetazoa | Insect | Mosquito | ハマダラカ | Anopheles darlingi | AdarC3 (Jan, 2014) | AdarC3 |
| EnsemblMetazoa | Insect | Leafcutter ant | ハキリアリ | Atta cephalotes | Attacep1.0 (Jul, 2012) | Attacep1.0 |
| EnsemblMetazoa | Insect | Silkworm | カイコガ | Bombyx mori | ASM15162v1 (Feb, 2013) | ASM15162v1 |
| EnsemblMetazoa | Nematode | Filarial nematode worm | マレー糸状虫 | Brugia malayi | B_malayi-3.0 (Dec, 2012) | B_malayi_3.0 |
| EnsemblMetazoa | Metazoa | Polychaete worm | イトゴカイ | Capitella teleta | Capitella teleta v1.0 (Dec, 2012) | Capte_v1.0 |
| EnsemblMetazoa | Metazoa | Pacific oyster | マガキ | Crassostrea gigas | oyster_v9 (Sep, 2012) | oyster_v9 |
| EnsemblMetazoa | Insect | Southern house mosquito | ネッタイイエカ | Culex quinquefasciatus | CpipJ2 (Jan, 2007) | CpipJ2 |
| EnsemblMetazoa | Insect | Monarch butterfly | オオカバマダラ | Danaus plexippus | DanPle_1.0 (Nov, 2011) | DanPle_1.0 |
| EnsemblMetazoa | Metazoa | Water flea | ミジンコ | Daphnia pulex | V1.0 (Feb, 2011) | Dappu_V1.0 |
| EnsemblMetazoa | Insect | Mountain pine beetle | キクイムシ | Dendroctonus ponderosae | DendPond_male_1.0 (Apr, 2013) | DendPond_1.0 |
| EnsemblMetazoa | Insect | D. willistoni (Fruit fly) | ショウジョウバエ属 | Drosophila willistoni | dwil_caf1 (Jul, 2008) | dwil_caf1 |
| EnsemblMetazoa | Insect | Postman butterfly | ドクチョウ | Heliconius melpomene | Hmel1 (Feb, 2012) | Hmel1 |
| EnsemblMetazoa | Metazoa | Californian leech | ヒル | Helobdella robusta | Helro1 (Dec, 2012) | Helro1 |
| EnsemblMetazoa | Metazoa | Black-legged tick | クロアシマダニ | Ixodes scapularis | IscaW1 (Aug, 2007) | IscaW1 |
| EnsemblMetazoa | Nematode | Eye worm | ロア糸状虫 | Loa loa | Loa_loa_V3 (Jan, 2010) | Loa_loa_V3 |
| EnsemblMetazoa | Metazoa | Giant owl limpet | カサガイ | Lottia gigantea | Lotgi1 (Jan, 2013) | Lotgi1 |
| EnsemblMetazoa | Insect | Humpbacked fly | クサビノミバエ | Megaselia scalaris | Msca1 (Feb, 2013) | Msca1 |
| EnsemblMetazoa | Insect | Glanville fritillary | グランヴィルヒョウモンモドキ | Melitaea cinxia | MelCinx1.0 (Jul, 2014) | MelCinx1.0 |
| EnsemblMetazoa | Metazoa | Sea walnut | ムネミオプシス・レイディ | Mnemiopsis leidyi | MneLei_Aug2011 (Sep, 2011) | MneLei |
| EnsemblMetazoa | Insect | Parasitic wasp | キョウソヤドリコバチ | Nasonia vitripennis | Nvit_2.1 (Nov, 2012) | Nvit_2.1 |
| EnsemblMetazoa | Metazoa | Starlet sea anemone | ムシモドキギンチャク科 | Nematostella vectensis | ASM20922v1 (Sep, 2007) | ASM20922v1 |
| EnsemblMetazoa | Nematode | O. volvulus (Parasitic nematode) | 回旋糸状虫 | Onchocerca volvulus | Cameroon_v3 (Nov, 2013) | Cameroon_v3 |
| EnsemblMetazoa | Insect | Body louse | ヒトジラミ | Pediculus humanus | PhumU2 (Nov, 2008) | PhumU2 |
| EnsemblMetazoa | Insect | Triatomid bug | サシガメ | Rhodnius prolixus | RproC1 (Dec, 2010) | RproC1 |
| EnsemblMetazoa | Metazoa | Blood fluke | マンソン住血吸虫 | Schistosoma mansoni | ASM23792v2 (Apr, 2012) | ASM23792v2 |
| EnsemblMetazoa | Insect | Red imported fire ant | アカヒアリ | Solenopsis invicta | Si_gnG (Feb, 2011) | Si_gnG |
| EnsemblMetazoa | Metazoa | European centipede | ムカデ | Strigamia maritima | Smar1 (Feb, 2013) | Smar1 |
| EnsemblMetazoa | Metazoa | Two-spotted spider mite | ナミハダニ | Tetranychus urticae | ASM23943v1 (Nov, 2011) | ASM23943v1 |
| EnsemblMetazoa | Insect | Red flour beetle | コクヌストモドキ | Tribolium castaneum | Tcas3 (Feb, 2010) | Tcas3 |
| EnsemblMetazoa | Nematode | Trichina worm | 旋毛虫 | Trichinella spiralis | Tspiralis1 (Mar, 2011) | Tspiralis1 |
| EnsemblMetazoa | Metazoa | T. adhaerens | センモウヒラムシ | Trichoplax adhaerens | ASM15027v1 (Aug, 2006) | ASM15027v1 |
| EnsemblMetazoa | Insect | Dampwood termite | ネバダオオシロアリ | Zootermopsis nevadensis | ZooNev1.0 (Jun, 2014) | ZooNev1.0 |
| EnsemblPlants | Plant | Tausch's goatgrass | タルホコムギ | Aegilops tauschii | ASM34733v1 (Dec, 2013) | ASM34733v1 |
| EnsemblPlants | Plant | A. trichopoda | アムボレラ・トリコポダ | Amborella trichopoda | AMTR1.0 (Jan, 2014) | AMTR1.0 |
| EnsemblPlants | Plant | Lyre-leaved rock-cress | シロイヌナズナ属 | Arabidopsis lyrata | v.1.0 (Dec, 2008) | Araly_v.1.0 |
| EnsemblPlants | Plant | Thale cress | シロイヌナズナ | Arabidopsis thaliana | TAIR10 (Sep, 2010) | TAIR10_en |
| EnsemblPlants | Plant | Purple false brome | セイヨウヤマカモジ, ミナトカモジグサ | Brachypodium distachyon | v1.0 (Jan, 2009) | Bradi_v1.0 |
| EnsemblPlants | Plant | Wild cabbage | ヤセイカンラン, ワイルドキャベツ | Brassica oleracea | v2.1 | Braol_v2.1 |
| EnsemblPlants | Plant | Chinese cabbage | ハクサイ | Brassica rapa | IVFCAASv1 (Aug, 2009) | IVFCAASv1 |
| EnsemblPlants | Plant | Green algae | クラミドモナス | Chlamydomonas reinhardtii | v3.1 (Nov, 2007) | Chlre_v3.1 |
| EnsemblPlants | Plant | Red alga | シアニディオシゾン | Cyanidioschyzon merolae | ASM9120v1 (Nov, 2008) | ASM9120v1 |
| EnsemblPlants | Plant | Soybean | ダイズ | Glycine max | V1.0 (Jan, 2010) | Soybn_V1.0 |
| EnsemblPlants | Plant | Barley | オオムギ | Hordeum vulgare | 082214v1 (Mar, 2012) | Horvu_v1 |
| EnsemblPlants | Plant | L. perrieri | イネ科サヤヌカグサ属 | Leersia perrieri | Lperr_V1.4 (Mar, 2014) | Lperr_V1.4 |
| EnsemblPlants | Plant | Barrel medic | タルウマゴヤシ | Medicago truncatula str. A17 | MedtrA17_4.0 (Jun, 2014) | MedtrA17_4.0 |
| EnsemblPlants | Plant | Banana | バナナ | Musa acuminata | MA1 (Aug, 2012) | MA1 |
| EnsemblPlants | Plant | African wild rice | イネ・野生種 | Oryza barthii | Obart_v1.0 (Apr, 2014) | Obart_v1.0 |
| EnsemblPlants | Plant | African wild rice | イネ・野生種 | Oryza brachyantha | Oryza_brachyantha.v1.4b (May, 2011) | Orybr_v1.4b |
| EnsemblPlants | Plant | African wild rice | イネ・野生種 | Oryza glaberrima | AGI1.1 (May, 2011) | AGI1.1 |
| EnsemblPlants | Plant | Brazilian wild rice | イネ・野生種 | Oryza glumaepatula | ALNU02000000 (Aug, 2013) | Orygl |
| EnsemblPlants | Plant | Longstamen rice | イネ・野生種 | Oryza longistaminata | v0117-2013Aug (Aug, 2013) | Orylo_v0117 |
| EnsemblPlants | Plant | Australian wild rice | イネ・野生種 | Oryza meridionalis | Oryza_meridionalis_v1.3 (Oct, 2014) | Oryme_v1.3 |
| EnsemblPlants | Plant | Indian wild rice | イネ・野生種 | Oryza nivara | AWHD00000000 (Aug, 2013) | Oryni |
| EnsemblPlants | Plant | Red rice | イネ・野生種 | Oryza punctata | AVCL00000000 (Aug, 2013) | Orypu |
| EnsemblPlants | Plant | Brownbeard rice | イネ・野生種 | Oryza rufipogon | PRJEB4137 (Aug, 2013) | PRJEB4137 |
| EnsemblPlants | Plant | Rice | イネ・インディカ種 | Oryza sativa Indica | ASM465v1 (Jan, 2005) | ASM465v1 |
| EnsemblPlants | Plant | Rice | イネ・ジャポニカ種 | Oryza sativa Japonica | IRGSP-1.0 | IRGSP1.0 |
| EnsemblPlants | Plant | O. lucimarinus | オストレオコッカス | Ostreococcus lucimarinus | ASM9206v1 (Jan, 2011) | ASM9206v1 |
| EnsemblPlants | Plant | Moss | ヒメツリガネゴケ | Physcomitrella patens | ASM242v1 (Jul, 2006) | ASM242v1 |
| EnsemblPlants | Plant | Western balsam poplar | ポプラ, コットンウッド | Populus trichocarpa | JGI2.0 (Jan, 2010) | Poptr_JGI2.0 |
| EnsemblPlants | Plant | Peach | モモ | Prunus persica | Prupe1_0 (Mar, 2013) | Prupe1_0 |
| EnsemblPlants | Plant | Spikemoss | イヌタカヒバ | Selaginella moellendorffii | v1.0 (May, 2011) | Selml_v1.0 |
| EnsemblPlants | Plant | Foxtail millet | アワ | Setaria italica | JGIv2.0 (Jan, 2012) | Setit_JGIv2.0 |
| EnsemblPlants | Plant | Tomato | トマト | Solanum lycopersicum str. Heinz 1706 | SL2.50 (Oct, 2014) | SL2.50 |
| EnsemblPlants | Plant | Potato | ジャガイモ | Solanum tuberosum | SolTub_3.0 (May, 2011) | SolTub_3.0 |
| EnsemblPlants | Plant | Sorghum | モロコシ | Sorghum bicolor | Sorbi1 (Dec, 2007) | Sorbi1 |
| EnsemblPlants | Plant | Cacao | カカオ | Theobroma cacao | Theobroma_cacao_20110822 (May, 2014) | Thecc_20110822 |
| EnsemblPlants | Plant | Wheat | コムギ | Triticum aestivum | IWGSC1.0+popseq (Nov, 2014) | IWGSC1.0 |
| EnsemblPlants | Plant | Red wild einkorn | ウラルツコムギ | Triticum urartu | ASM34745v1 (Apr, 2013) | ASM34745v1 |
| EnsemblPlants | Plant | Grape | ブドウ | Vitis vinifera | IGGP_12x (Jun, 2011) | IGGP_12x |
| EnsemblPlants | Plant | Maize, Corn | トウモロコシ | Zea mays | AGPv3 (Apr, 2013) | AGPv3 |
| Phytozome | Plant | Moss | ヒメツリガネゴケ | Physcomitrella patens | v3.0 (Oct, 2007) | Ppatens_251_v3 |
| Phytozome | Plant | Spikemoss | イヌタカヒバ | Selaginella moellendorffii | v1.0 (Dec, 2007) | Smoellendorffii_91_v1 |
| Phytozome | Plant | Green algae | クラミドモナス | Chlamydomonas reinhardtii | v5.5 (May, 2014) | Creinhardtii_281_v5_5 |
| Phytozome | Plant | O. lucimarinus | オストレオコッカス | Ostreococcus lucimarinus | v2.0 (Jan, 2011) | Olucimarinus_231_v2 |
| Phytozome | Plant | C. grandiflora | ナズナ属 | Capsella grandiflora | v1.1 | Cgrandiflora_v1 |
| Phytozome | Plant | Red shepherd's purse | ナズナ属 | Capsella rubella | v1.0 | Crubella_v1 |
| Phytozome | Plant | Papaya | パパイア | Carica papaya | ASGPBv0.4 | Cpapaya_r.Dec2008 |
| Phytozome | Plant | C. subellipsoidea | コッコミクサ属 | Coccomyxa subellipsoidea | v2.0 | CsubellipsoideaC169_v2.0 |
| Phytozome | Plant | Cucumber | キュウリ | Cucumis sativus | v1.0 | Csativus_v1 |
| Phytozome | Plant | Eucalyptus | ローズガム | Eucalyptus grandis | v2.0 | Egrandis_v2.0 |
| Phytozome | Plant | Strawberry | エゾヘビイチゴ | Fragaria vesca | v1.1 | Fvesca_v1.1 |
| Phytozome | Plant | Cotton | ワタ | Gossypium raimondii | v2.1 | Graimondii_v2.0 |
| Phytozome | Plant | Flax | アマ | Linum usitatissimum | v1.0 | Lusitatissimum_BGIv1.0 |
| Phytozome | Plant | Apple | リンゴ | Malus domestica | v1.0 | Mdomestica_v1.0 |
| Phytozome | Plant | Cassava | キャッサバ | Manihot esculenta | v6.1 | Mesculenta_v6 |
| Phytozome | Plant | Picoplanktonic green alga | ミクロモナス | Micromonas pusilla | v3.0 | MpusillaCCMP1545_v3.0 |
| Phytozome | Plant | Picoplanktonic green alga | ミクロモナス | Micromonas pusilla | v3.0 | MpusillaRCC299_v3.0 |
| Phytozome | Plant | Monkey flower | ミムルス | Mimulus guttatus | v2.0 | Mguttatus_v2.0 |
| Phytozome | Plant | Rice | イネ | Oryza sativa | v7.0 | Osativa_v7.0 |
| Phytozome | Plant | Peach | ハナモモ | Prunus persica | v2.1 | Ppersica_v2.0 |
| Phytozome | Plant | Castor bean | トウゴマ | Ricinus communis | v0.1 | Rcommunis_TIGR.0.1 |
| Phytozome | Plant | Giant duckweed | ウキクサ | Spirodela polyrhiza | v2 | Spolyrhiza_v1 |
| Phytozome | Plant | Green alga | ボルボックス | Volvox carteri | v2.0 | Vcarteri_v2 |
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difff《ﾃﾞｭﾌﾌ》アップデート：結果を公開する機能
- 2015-08-20 (木)
- DBCLS
テキスト比較ツール difff《ﾃﾞｭﾌﾌ》に、結果を公開する機能を追加しました。
テキストを比較すると、ページの最下部に「この結果を公開する」という部分が表示されるようになります。① の欄に「削除パスワード」を設定し、② の「結果を公開する」ボタンをクリックすれば、そのページがサーバに保存されて ③ のような短縮URLが発行されます。
このURLは作成してから3日間を過ぎると使えなくなります（毎日午前0時に find -mtime +3 で見つかるファイルを消去しています）。なぜ3日で消してしまうのかというと、利用者が不適切な内容を公開してしまった場合に、それが広まらないようにするためです。ずっと残しておきたいときは、結果のページをHTML形式で保存するのがおすすめです。
なお、ページを公開するときに設定した「削除パスワード」を使って、利用者自身でページを削除することも可能です。削除パスワードを設定しなかった場合は、空欄のままで削除できます。
利用者のデータの取り扱いについて
difff《ﾃﾞｭﾌﾌ》では、「結果を公開する」をクリックしない限り、利用者の入力した文書がサーバに保存されることはありません。また、結果を公開した場合でも、利用者が削除するか公開期間を過ぎたものは全てサーバから消去されます。ただし、削除する前に検索エンジンにキャッシュされたり、誰かが保存や転載した場合は、削除したはずの文書がネットに残る可能性があることに留意してください。
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GGGenomeに約100種のゲノムを追加
- 2015-02-05 (木)
- DBCLS
高速な塩基配列の検索サービスである GGGenome に、UCSCで公開されている全生物種のゲノムを追加しました。複数のバージョンがある場合は基本的に最新版を取り入れましたが、現在よく使われているバージョンがある場合はそれも入れました（ヒト：hg38, hg19）。
まだGGGenomeのメニューからは選択できませんが、下記の「Link to GGGenome」からそれぞれの生物種を検索できるページに飛べます。GGGenomeのメニューはこれから整備する予定です。
（8/19追記）GGGenomeのメニューから生物種を検索しつつ選択できるようにしました。ここに記載のない生物種も順次追加しており、最新情報はGGGenomeのヘルプページのなかの 検索可能なデータベース一覧 に掲載しています。
GGGenomeで検索できるUCSCゲノム一覧
| Source | Group | Species | 和名 | 学名 | Assembly | Link to GGGenome |
|---|---|---|---|---|---|---|
| UCSC | Mammal | Human | ヒト | Homo sapiens | GRCh38/hg38 (Dec, 2013) | hg38 |
| UCSC | Mammal | Human | ヒト | Homo sapiens | GRCh37/hg19 (Feb, 2009) | hg19 |
| UCSC | Mammal | Mouse | マウス | Mus musculus | GRCm38/mm10 (Dec, 2011) | mm10 |
| UCSC | Mammal | Mouse | マウス | Mus musculus | NCBI37/mm9 (Jul, 2007) | mm9 |
| UCSC | Mammal | Alpaca | アルパカ | Vicugna pacos | Vicugna_pacos-2.0.1/vicPac2 (Mar, 2013) | vicPac2 |
| UCSC | Mammal | Armadillo | アルマジロ | Dasypus novemcinctus | Baylor/dasNov3 (Dec, 2011) | dasNov3 |
| UCSC | Mammal | Baboon | ヒヒ | Papio anubis | Baylor Panu_2.0/papAnu2 (Mar, 2012) | papAnu2 |
| UCSC | Mammal | Bushbaby | オオガラゴの一種 | Otolemur garnettii | Broad/otoGar3 (Mar, 2011) | otoGar3 |
| UCSC | Mammal | Cat | ネコ | Felis catus | ICGSC Felis_catus 6.2/felCat5 (Sep, 2011) | felCat5 |
| UCSC | Mammal | Chimp | チンパンジー | Pan troglodytes | CSAC 2.1.4/panTro4 (Feb, 2011) | panTro4 |
| UCSC | Mammal | Chinese hamster | チャイニーズハムスター | Cricetulus griseus | C_griseus_v1.0/criGri1 (Jul, 2013) | criGri1 |
| UCSC | Mammal | Cow | ウシ | Bos taurus | Bos_taurus_UMD_3.1.1/bosTau8 (Jun, 2014) | bosTau8 |
| UCSC | Mammal | Dog | イヌ | Canis lupus familiaris | Broad CanFam3.1/canFam3 (Sep, 2011) | canFam3 |
| UCSC | Mammal | Dolphin | イルカ | Tursiops truncatus | Baylor Ttru_1.4/turTru2 (Oct, 2011) | turTru2 |
| UCSC | Mammal | Elephant | ゾウ | Loxodonta africana | Broad/loxAfr3 (Jul, 2009) | loxAfr3 |
| UCSC | Mammal | Ferret | フェレット | Mustela putorius furo | MusPutFur1.0/musFur1 (Apr, 2011) | musFur1 |
| UCSC | Mammal | Gibbon | テナガザル | Nomascus leucogenys | GGSC Nleu3.0/nomLeu3 (Oct, 2012) | nomLeu3 |
| UCSC | Mammal | Gorilla | ゴリラ | Gorilla gorilla gorilla | gorGor3.1/gorGor3 (May, 2011) | gorGor3 |
| UCSC | Mammal | Guinea pig | モルモット | Cavia porcellus | Broad/cavPor3 (Feb, 2008) | cavPor3 |
| UCSC | Mammal | Hedgehog | ハリネズミ | Erinaceus europaeus | EriEur2.0/eriEur2 (May, 2012) | eriEur2 |
| UCSC | Mammal | Horse | ウマ | Equus caballus | Broad/equCab2 (Sep, 2007) | equCab2 |
| UCSC | Mammal | Kangaroo rat | カンガルーネズミ | Dipodomys ordii | Broad/dipOrd1 (Jul, 2008) | dipOrd1 |
| UCSC | Mammal | Manatee | マナティー | Trichechus manatus latirostris | Broad v1.0/triMan1 (Oct, 2011) | triMan1 |
| UCSC | Mammal | Marmoset | マーモセット | Callithrix jacchus | WUGSC 3.2/calJac3 (Mar, 2009) | calJac3 |
| UCSC | Mammal | Megabat | オオコウモリ | Pteropus vampyrus | Broad/pteVam1 (Jul, 2008) | pteVam1 |
| UCSC | Mammal | Microbat | ココウモリ | Myotis lucifugus | Broad Institute Myoluc2.0/myoLuc2 (Jul, 2010) | myoLuc2 |
| UCSC | Mammal | Minke whale | ミンククジラ | Balaenoptera acutorostrata scammoni | BalAcu1.0/balAcu1 (Oct, 2013) | balAcu1 |
| UCSC | Mammal | Mouse lemur | ネズミキツネザル | Microcebus murinus | Broad/micMur1 (Jul, 2007) | micMur1 |
| UCSC | Mammal | Naked mole-rat | ハダカデバネズミ | Heterocephalus glaber | Broad HetGla_female_1.0/hetGla2 (Jan, 2012) | hetGla2 |
| UCSC | Mammal | Opossum | オポッサム | Monodelphis domestica | Broad/monDom5 (Oct, 2006) | monDom5 |
| UCSC | Mammal | Orangutan | オランウータン | Pongo pygmaeus abelii | WUGSC 2.0.2/ponAbe2 (Jul, 2007) | ponAbe2 |
| UCSC | Mammal | Panda | パンダ | Ailuropoda melanoleuca | BGI-Shenzhen 1.0/ailMel1 (Dec, 2009) | ailMel1 |
| UCSC | Mammal | Pig | ブタ | Sus scrofa | SGSC Sscrofa10.2/susScr3 (Aug, 2011) | susScr3 |
| UCSC | Mammal | Pika | ナキウサギ | Ochotona princeps | OchPri3.0/ochPri3 (May, 2012) | ochPri3 |
| UCSC | Mammal | Platypus | カモノハシ | Ornithorhynchus anatinus | WUGSC 5.0.1/ornAna1 (Mar, 2007) | ornAna1 |
| UCSC | Mammal | Rabbit | ウサギ | Oryctolagus cuniculus | Broad/oryCun2 (Apr, 2009) | oryCun2 |
| UCSC | Mammal | Rat | ラット | Rattus norvegicus | RGSC 6.0/rn6 (Jul, 2014) | rn6 |
| UCSC | Mammal | Rat | ラット | Rattus norvegicus | RGSC 5.0/rn5 (Mar, 2012) | rn5 |
| UCSC | Mammal | Rhesus | アカゲザル | Macaca mulatta | BGI CR_1.0/rheMac3 (Oct, 2010) | rheMac3 |
| UCSC | Mammal | Rock hyrax | ケープハイラックス | Procavia capensis | Broad/proCap1 (Jul, 2008) | proCap1 |
| UCSC | Mammal | Sheep | ヒツジ | Ovis aries | ISGC Oar_v3.1/oviAri3 (Aug, 2012) | oviAri3 |
| UCSC | Mammal | Shrew | トガリネズミ | Sorex araneus | Broad/sorAra2 (Aug, 2008) | sorAra2 |
| UCSC | Mammal | Sloth | ナマケモノ | Choloepus hoffmanni | Broad/choHof1 (Jul, 2008) | choHof1 |
| UCSC | Mammal | Squirrel | リス | Spermophilus tridecemlineatus | Broad/speTri2 (Nov, 2011) | speTri2 |
| UCSC | Mammal | Squirrel monkey | リスザル | Saimiri boliviensis | Broad/saiBol1 (Oct, 2011) | saiBol1 |
| UCSC | Mammal | Tarsier | メガネザル | Tarsius syrichta | Broad/tarSyr1 (Aug, 2008) | tarSyr1 |
| UCSC | Mammal | Tasmanian devil | タスマニアデビル | Sarcophilus harrisii | WTSI Devil_ref v7.0/sarHar1 (Feb, 2011) | sarHar1 |
| UCSC | Mammal | Tenrec | テンレック | Echinops telfairi | Broad/echTel2 (Nov, 2012) | echTel2 |
| UCSC | Mammal | Tree shrew | ツパイ | Tupaia belangeri | Broad/tupBel1 (Dec, 2006) | tupBel1 |
| UCSC | Mammal | Wallaby | ワラビー | Macropus eugenii | TWGS Meug_1.1/macEug2 (Sep, 2009) | macEug2 |
| UCSC | Mammal | White rhinoceros | シロサイ | Ceratotherium simum | CerSimSim1.0/cerSim1 (May, 2012) | cerSim1 |
| UCSC | Vertebrate | American alligator | アメリカアリゲーター | Alligator mississippiensis | allMis0.2/allMis1 (Aug, 2012) | allMis1 |
| UCSC | Vertebrate | Atlantic cod | タイセイヨウダラ | Gadus morhua | Genofisk GadMor_May2010/gadMor1 (May, 2010) | gadMor1 |
| UCSC | Vertebrate | Budgerigar | セキセイインコ | Melopsittacus undulatus | WUSTL v6.3/melUnd1 (Sep, 2011) | melUnd1 |
| UCSC | Vertebrate | Chicken | ニワトリ | Gallus gallus | ICGSC Gallus_gallus-4.0/galGal4 (Nov, 2011) | galGal4 |
| UCSC | Vertebrate | Coelacanth | シーラカンス | Latimeria chalumnae | Broad/latCha1 (Aug, 2011) | latCha1 |
| UCSC | Vertebrate | Elephant shark | ゾウギンザメ | Callorhinchus milii | Callorhinchus_milii-6.1.3/calMil1 (Dec, 2013) | calMil1 |
| UCSC | Vertebrate | Fugu | フグ | Takifugu rubripes | FUGU5/fr3 (Oct, 2011) | fr3 |
| UCSC | Vertebrate | Lamprey | ヤツメウナギ | Petromyzon marinus | WUGSC 7.0/petMar2 (Sep, 2010) | petMar2 |
| UCSC | Vertebrate | Lizard | トカゲ | Anolis carolinensis | Broad AnoCar2.0/anoCar2 (May, 2010) | anoCar2 |
| UCSC | Vertebrate | Medaka | メダカ | Oryzias latipes | NIG/UT MEDAKA1/oryLat2 (Oct, 2005) | oryLat2 |
| UCSC | Vertebrate | Medium ground finch | ガラパゴスフィンチ | Geospiza fortis | GeoFor_1.0/geoFor1 (Apr, 2012) | geoFor1 |
| UCSC | Vertebrate | Nile tilapia | ナイルティラピア | Oreochromis niloticus | Broad oreNil1.1/oreNil2 (Jan, 2011) | oreNil2 |
| UCSC | Vertebrate | Painted turtle | ニシキガメ | Chrysemys picta bellii | v3.0.1/chrPic1 (Dec, 2011) | chrPic1 |
| UCSC | Vertebrate | Stickleback | トゲウオ | Gasterosteus aculeatus | Broad/gasAcu1 (Feb, 2006) | gasAcu1 |
| UCSC | Vertebrate | Tetraodon | ミドリフグ | Tetraodon nigroviridis | Genoscope 8.0/tetNig2 (Mar, 2007) | tetNig2 |
| UCSC | Vertebrate | Turkey | シチメンチョウ | Meleagris gallopavo | TGC Turkey_2.01/melGal1 (Dec, 2009) | melGal1 |
| UCSC | Vertebrate | X. tropicalis | ネッタイツメガエル | Xenopus tropicalis | JGI 4.2/xenTro3 (Nov, 2009) | xenTro3 |
| UCSC | Vertebrate | Zebra finch | キンカチョウ | Taeniopygia guttata | WashU taeGut324/taeGut2 (Feb, 2013) | taeGut2 |
| UCSC | Vertebrate | Zebrafish | ゼブラフィッシュ | Danio rerio | Zv9/danRer7 (Jul, 2010) | danRer7 |
| UCSC | Deuterostome | C. intestinalis | カタユウレイボヤ | Ciona intestinalis | JGI 2.1/ci2 (Mar, 2005) | ci2 |
| UCSC | Deuterostome | Lancelet | ナメクジウオ | Branchiostoma floridae | JGI 1.0/braFlo1 (Mar, 2006) | braFlo1 |
| UCSC | Deuterostome | S. purpuratus | ムラサキウニ | Strongylocentrotus purpuratus | Baylor 2.1/strPur2 (Sep, 2006) | strPur2 |
| UCSC | Insect | A. gambiae | ハマダラカ | Anopheles gambiae | IAGEC MOZ2/anoGam1 (Feb, 2003) | anoGam1 |
| UCSC | Insect | A. mellifera | ミツバチ | Apis mellifera | Baylor 2.0/apiMel2 (Jan, 2005) | apiMel2 |
| UCSC | Insect | D. ananassae | アナナスショウジョウバエ | Drosophila ananassae | Agencourt prelim/droAna2 (Aug, 2005) | droAna2 |
| UCSC | Insect | D. erecta | キリシマキノコショウジョウバエ | Drosophila erecta | Agencourt prelim/droEre1 (Aug, 2005) | droEre1 |
| UCSC | Insect | D. grimshawi | ショウジョウバエ属 | Drosophila grimshawi | Agencourt prelim/droGri1 (Aug, 2005) | droGri1 |
| UCSC | Insect | D. melanogaster | キイロショウジョウバエ | Drosophila melanogaster | BDGP Release 6 + ISO1 MT/dm6 (Aug, 2014) | dm6 |
| UCSC | Insect | D. melanogaster | キイロショウジョウバエ | Drosophila melanogaster | BDGP R5/dm3 (Apr, 2006) | dm3 |
| UCSC | Insect | D. mojavensis | ショウジョウバエ属 | Drosophila mojavensis | Agencourt prelim/droMoj2 (Aug, 2005) | droMoj2 |
| UCSC | Insect | D. persimilis | ショウジョウバエ属 | Drosophila persimilis | Broad/droPer1 (Oct, 2005) | droPer1 |
| UCSC | Insect | D. pseudoobscura | ニセウスグロショウジョウバエ | Drosophila pseudoobscura | FlyBase 1.03/dp3 (Nov, 2004) | dp3 |
| UCSC | Insect | D. sechellia | セイシェルショウジョウバエ | Drosophila sechellia | Broad/droSec1 (Oct, 2005) | droSec1 |
| UCSC | Insect | D. simulans | オナジショウジョウバエ | Drosophila simulans | WUGSC mosaic 1.0/droSim1 (Apr, 2005) | droSim1 |
| UCSC | Insect | D. virilis | クロショウジョウバエ | Drosophila virilis | Agencourt prelim/droVir2 (Aug, 2005) | droVir2 |
| UCSC | Insect | D. yakuba | ヤクバショウジョウバエ | Drosophila yakuba | WUGSC 7.1/droYak2 (Nov, 2005) | droYak2 |
| UCSC | Nematode | C. brenneri | 線虫 | Caenorhabditis brenneri | WUGSC 6.0.1/caePb2 (Feb, 2008) | caePb2 |
| UCSC | Nematode | C. briggsae | 線虫 | Caenorhabditis briggsae | WUGSC 1.0/cb3 (Jan, 2007) | cb3 |
| UCSC | Nematode | C. elegans | 線虫 | Caenorhabditis elegans | WS220/ce10 (Oct, 2010) | ce10 |
| UCSC | Nematode | C. japonica | 線虫 | Caenorhabditis japonica | WUGSC 3.0.2/caeJap1 (Mar, 2008) | caeJap1 |
| UCSC | Nematode | C. remanei | 線虫 | Caenorhabditis remanei | WUGSC 15.0.1/caeRem3 (May, 2007) | caeRem3 |
| UCSC | Nematode | P. pacificus | 線虫 | Pristionchus pacificus | WUGSC 5.0/priPac1 (Feb, 2007) | priPac1 |
| UCSC | Other | S. cerevisiae | 出芽酵母 | Saccharomyces cerevisiae | SacCer_Apr2011/sacCer3 (Apr, 2011) | sacCer3 |
| UCSC | Other | Sea hare | アメフラシ | Aplysia californica | Broad 2.0/aplCal1 (Sep, 2008) | aplCal1 |
| UCSC | Viruses | Ebola virus | エボラウイルス | Filoviridae ebolavirus | Sierra Leone G3683/KM034562.1/eboVir3 (Jun, 2014) | eboVir3 |
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統合データベース講習会AJACSa三島
- 2015-01-27 (火)
- DBCLS
統合データベース講習会AJACSa三島の資料を掲載しています。
- スライドPDF (5.5MB)
自己紹介
siRNA設計ウェブサーバ
- siDirect (http://siDirect2.RNAi.jp/)
- 統合TVによる解説動画
統合遺伝子検索GGRNAの検索例
- GGRNAトップページ – http://GGRNA.dbcls.jp/
- 統合TVによる解説動画
- ヒトのnanogを検索 – http://GGRNA.dbcls.jp/hs/nanog
- Accession番号から検索 – http://GGRNA.dbcls.jp/NM_003380
- 塩基配列から検索
- アミノ酸配列から検索 – http://GGRNA.dbcls.jp/SEHPL+MTCQSC
- PCRプライマー検索 – http://GGRNA.dbcls.jp/hs/seq%3aagctcattactttatcagtgca+comp%3atgacgtattcactcttctggtt
- マイクロアレイのプローブ検索 – http://GGRNA.dbcls.jp/1552311_a_at
高速配列検索GGGenomeの検索例
- GGGenomeトップページ – http://GGGenome.dbcls.jp/
- 統合TVによる解説動画
- ミスマッチやギャップを含む検索 – http://GGGenome.dbcls.jp/hg19/2/TTCACTGACAACATTGAGTA
表計算ソフトで塩基配列検索
- Googleスプレッドシート を参照
GGGenomeのヒットをゲノムブラウザ上に表示
- UCSCゲノムブラウザ (http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgGateway)
- 「add custom tracks」ボタン
- 「http://GGGenome.dbcls.jp/hg19/(検索したい配列).bed」と入力
CRISPR/Casシステムのターゲット配列設計
- CRISPRdirect (http://crispr.dbcls.jp/)
- 統合TVによる解説動画
おまけ
- テキスト比較ツール difff《ﾃﾞｭﾌﾌ》(http://difff.jp/)
- 統合TVによる解説動画
- 『今日から使える！ データベース・ウェブツール 達人になるための実践ガイド100』
実験医学増刊 2014年12月発行
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マイクロアレイ学生実習2014
- 2014-08-01 (金)
- DBCLS
6/10〜18の期間、東京大学理学部生物化学科・生物情報科学科3年生の学生実習を担当しました。テーマは「マイクロアレイを用いた網羅的遺伝子発現解析」です。生化・生物情報では、2009年にアジレント社のマイクロアレイ設備一式を学生実習のために導入しており、学科の共通機器として毎年の学生実習に使用しているほか、各ラボの研究にも活用されています。
siRNAのオフターゲット効果をゲノムワイドに調べる
今年の学生実習では、マイクロアレイを用いてsiRNAのオフターゲット効果をゲノムワイドに調べる実験を行いました。 siRNAは、細胞内において本来の標的とは無関係なmRNAと結合して意図せず抑制してしまうことがあり、そのような現象をsiRNAの オフターゲット効果 と呼びます。オフターゲット効果は、siRNAを用いた解析で誤った解釈を導く原因となるほか、siRNAを核酸医薬品として応用する際に副作用の原因となるなど、RNAi法における深刻な課題のひとつと考えられます。このため、どのような場合にオフターゲット効果がおこるのか、siRNAとmRNAとのあいだの配列類似性に着目し、さまざまな解析がなされてきました。その結果、siRNAの5′末端から2-8の位置の ‘seed’ と呼ばれる7塩基の領域がmRNAの3′ UTRと相補的な場合に、mRNAの分解や翻訳抑制が起こり得ることがわかってきました (Lim et al., 2005; Lin et al., 2005; Birmingham et al., 2006)。
たとえば、上図は今回の実習で使用したヒトのビメンチン (NM_003380) を標的とするsiRNAで、ガイド鎖の配列のうち赤字の 5′-UGAACUC-3′ がseedと呼ばれる領域です。前述のように、これと相補的な 5′-GAGUUCA-3′ という配列を3′ UTRにもつ (以下 seedマッチする と表現) mRNAは、オフターゲット効果により抑制される場合があります。実習では、その様子をマイクロアレイでゲノムワイドに検証していきます。さらに、通常のsiRNAだけでなく、一部を化学修飾したsiRNAを4種類用意し、それらのオフターゲット効果を通常のsiRNAと比較します。本来の標的遺伝子であるビメンチンを十分に抑制し、一方でオフターゲット効果の少ない化学修飾siRNAが見つかれば、有望かもしれません。
マイクロアレイ実験およびデータ解析
実習では、上記のsiRNAをHeLa細胞に導入して24時間後に回収したものを各班に配布し、1日目にtotal RNA抽出、2日目に逆転写とcRNA合成、3日目にアレイへのハイブリダイゼーション、4日目にアレイのスキャンをおこない、4〜6日目の3日間でデータ解析をしました。データ解析の3日間は情報基盤センターの演習室をお借りし、iMac端末で下記のようなソフトウェアを使用して解析を行いました。
- Excel – マイクロアレイのデータ解析をブラックボックスにしないために、まずは生の数値にきちんと触れてもらいました。サンプル間の正規化を行い各種プロットを作成。
- GeneSpring GX – エクセルで全部やるのは苦行なので、一連のデータ解析は基本的にGeneSpring GXまたはRを使用。GeneSpring GXはアジレント社より学生実習のための期間限定ライセンスを供与いただきました。
- R – マイクロアレイデータ解析用のパッケージlimmaを利用し、コードの基本部分を講師が提供。
細胞に導入したsiRNAとseedマッチする遺伝子をリストアップして、それらの発現量の変動をMAプロットにより可視化してみます。すると、seedマッチする遺伝子群 (青色) は、その他の遺伝子群 (水色) と比較して下側に分布しており、発現量が減少している傾向が確認できました。ただし減少といってもあくまで集団としての傾向で、個別の遺伝子に注目すると、seedマッチしていても変化がなかったり、増加していたりする遺伝子もたくさんあります。また、本来の標的であるビメンチン (下図の赤丸) は -3.6 程度であり、log2をとる前の値に直すと 8% 程度に抑制されていることが確認できました。
発現量が減少している傾向を、より定量的に評価してみます。seedマッチする遺伝子群 (上のMAプロットで青色)、その他の遺伝子群 (水色) のそれぞれに対し、発現量の変動 (MAプロットの縦軸の値) でソートしたときの累積度数を求め、プロットしました。
コントロールである その他の遺伝子群 (黒色の線) は、概ね (0, 0.5) を通る対称的な曲線になりました。一方、seedマッチする遺伝子群 (青色の線) は、それよりも左方向にシフトしており、発現量が減少している傾向がはっきりとわかりました。もしまったく減少していなければ、黒い曲線と重なるはずです。このように、累積度数をプロットすると、MAプロットでは減少がわかりにくい場合でも、定量的に評価できるようになります。
ところで、seedの2-8という位置が抑制に寄与することは、もともとモチーフ解析などから明らかになってきたものですが、それ以外の位置の7mer (1-7, 3-9, 4-10, …) は抑制に寄与しないのでしょうか。このことを調べるために、前述の累積度数プロットを、1-7の配列 (UUGAACU) とマッチする遺伝子群 (赤線)、2-8の配列 (UGAACUC) とマッチする遺伝子群 (朱色)、3-9の配列 (GAACUCG) とマッチする遺伝子群 (橙色)、…(以下同様)… それぞれについて描画しました (下図)。
この図から、朱色でプロットされた2-8の配列 (seed) とマッチする遺伝子群が、もっとも抑制されることが確認できました。さらに見やすくするために、黒色の線と囲まれた部分の面積、つまり曲線がどれだけ左にシフトしたかを求め、棒グラフで示しました。2-8の配列 (seed) とマッチしている遺伝子群がもっとも抑制されていますが、1-7や3-9の配列とマッチしている遺伝子群も、ある程度は抑制される傾向があることがわかりました。
さらに実習では、siRNAの反対側のstrandのseedがマッチした場合や、化学修飾したsiRNAのオフターゲット効果についても同様に解析しました。それらの結果はここでは割愛しますが、6日間の学生実習でこのように様々な解析ができたことは、よかったのではないかと思います。
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「ライフサイエンス 新着論文レビュー」を支える技術
- 2014-01-28 (火)
- DBCLS
DBCLSが公開している「ライフサイエンス 新着論文レビュー」では、著者の投稿した原稿をそのまま掲載するのではなく、生命科学分野を専門とする編集者（@ksukeiida 編集長）が一文一文を吟味し、大幅な修正を加えています。この編集作業により、専門が異なる読者にもわかりやすく読める文章になっています。
mesoも 統合遺伝子検索GGRNAのレビュー を公開したときに編集長のお世話になったのですが、修正前の原稿と比べ修正後のものはかなり読みやすくなっていて驚きました。あとで編集長に質問してみると、細かい修正箇所にもそれぞれ明確な理由があり、それらを重ねることで文章が読みやすくなっていることがわかりました。
そこでこの記事では、新着論文レビューにおける編集作業のビフォーアフターを、mesoの書いたレビューを例に紹介しようと思います。編集前後の差分をテキスト比較ツール difff《ﾃﾞｭﾌﾌ》でハイライトし、その右側に編集長の説明（をmesoがまとめたもの）を記載しました。
【ビフォーアフター】テキスト比較ツールdifff《ﾃﾞｭﾌﾌ》による編集前後の差分
テキスト比較ツール difff《ﾃﾞｭﾌﾌ》は、以前の記事 でも紹介したように2つのテキストの差分（diff）を表示することができるmeso作のツールです。
詳しくは上のリンク先にも書きましたが、科学分野の文章ならではのポイントをまとめてみました。
- 専門用語の統一 同じものを示すために複数の言葉を理由なく使ってしまうと（とくに専門外の人は）混乱する。使う用語を選び統一することで、その分野に馴染みのない読者にも理解しやすい文章になる。
- 語順の吟味 形容する単語はできるだけ離さず直前に置く。主語は前に。時間や時期を示す語も前に。文の構造、あるいは、単語と単語の関係が明確になるように、語順をいろいろと入れ替えて検討する。
- 意味の限定 あいまいな言葉や助詞は、意味を限定する言葉に置き換えることによって読みやすくなる。また、意味やニュアンスを補う言葉を挿入することにより解釈が限定されて読みやすくなる場合もある。
拙文のビフォーアフターを公開するのは正直なところ恥ずかしいのですが、科学分野の文章を書く方に少しでも役立てば幸いです。
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