トーゴーの日シンポジウム2011

10月5日(水) に日本科学未来館で開催された「トーゴー（統合）の日シンポジウム2011」でGGRNAの紹介をしました。

ポスター会場ではiPadを使ってGGRNAのデモをしましたが、やはり検索が速いという感想を多くいただけました。また、疾患関連のキーワードで遺伝子を検索したいという要望や、SNP、タンパクのモチーフを見たいという要望を頂いており、これらはGGRNAに取り入れていく方針です。（疾患関係は翌日の某ユーザ会でも話題になりました。）

ポスターのPDFと要旨を下記に掲載します。

・ポスターPDF (1.7MB)

「統合遺伝子検索GGRNA」（ポスター番号 13）

^〇内藤雄樹，坊農秀雅（情報・システム研究機構　ライフサイエンス統合データベースセンター）

要旨：さまざまな切り口で遺伝子を「さがす」または「ながめる」ことができるように，塩基配列，発現情報，立体構造，文献等さまざまな知識をRNA配列（転写産物）をベースに整理した「RNA統合データベース」を構築している．その一環として，RefSeqに収録された遺伝子を簡便かつ高速に検索できるウェブサービスGGRNA（http://GGRNA.dbcls.jp/）を構築したので紹介する．GGRNAは，単一の検索窓しかないシンプルなインターフェースから，RefSeqに収録された転写産物の各種ID，遺伝子名，アノテーション情報，塩基配列およびアミノ酸配列を含む全フィールドを対象に全文検索をおこなうシステムである．とくに塩基配列の検索では，Nなどの曖昧な塩基を含むパターンや，クエリに対して2塩基までのミスマッチを含む配列を高速に検索する．またマイクロアレイのプローブIDを入力すると，そのプローブの塩基配列をもとに遺伝子を検索することもできる．現在，ヒト，マウス，ラット，ニワトリ，ツメガエル，ゼブラフィッシュ，カタユウレイボヤ，ショウジョウバエ，線虫，イネ，シロイヌナズナ，出芽酵母，分裂酵母に対応している．